Jodl allègue pour sa défense le fait qu’il était un soldat, forcé à l’obéissance, et non pas un politicien ; il ajoute que son travail d’État-Major prenait tout son temps. Il a dit que, lorsqu’il signait ou contresignait des ordres, des mémorandums et des lettres, il le faisait souvent au nom de Hitler et de Keitel, en l’absence de ce dernier. Bien que devant obéissance à Hitler en tant que soldat, il prétend avoir souvent essayé de s’opposer à certaines mesures en les retardant, et y avoir parfois réussi. Il en fut ainsi quand il résista à Hitler qui demandait que fût donné l’ordre de lyncher les « aviateurs terroristes » alliés.
D’après le journal de Jodl, en date des 13 et 14 février 1938, Hitler donna à ce dernier, ainsi qu’à Keitel, l’ordre de maintenir la pression armée que, lors de la conférence avec Schuschnigg, l’on avait commencé d’exercer contre l’Autriche, en simulant des mesures militaires qui, d’ailleurs, atteignirent leur but. Quand Hitler décida de « ne pas tolérer » le plébiscite de Schuschnigg, Jodl produisit, au cours de la conférence, « l’ancien projet », c’est-à-dire le plan tel que l’avait conçu l’État-Major. Son journal montre, le 10 mars, que Hitler ordonna alors la préparation du « Cas Otto » par une directive que contresigna Jodl.
Jodl publia, le 11 mars, des instructions additionnelles et parapha l’ordre d’invasion donné par Hitler pour le jour même.
D’après les notes de Schmundt, Jodl fut très actif dans les préparatifs d’attaque contre la Tchécoslovaquie. Il parapha les articles 14, 17, 24, 36 et 37 de ces notes. Jodl reconnaît qu’il était d’accord avec l’OKH pour que l’« incident » qui devait fournir un prétexte à l’intervention de l’Allemagne se produisît au plus tard à quatorze heures, le jour X-1, jour précédant l’attaque ; et il admet, en outre, avoir précisé que l’heure fixée pour cet incident devait être telle que les conditions atmosphériques fussent favorables au vol. Avec les spécialistes de la propagande, il s’entretint des « tâches communes imminentes » résultant notamment des violations du Droit international par l’Allemagne, de leur exploitation par l’ennemi et de leur réfutation par les Allemands, « tâches » que Jodl jugeait « particulièrement importantes ».
Après Munich, Jodl écrivait :
« La Tchécoslovaquie a disparu en tant que puissance … Le génie du Führer et sa détermination à ne pas reculer, même devant une guerre mondiale, ont permis à nouveau de remporter la victoire, sans recourir à la force. Nous gardons l’espoir que les incrédules, les faibles et les hésitants sont maintenant convertis et le resteront. »
