Le 24 novembre 1939, le Gouvernement allemand adressa un avertissement aux navires de commerce neutres, selon lequel leur sécurité ne pouvait plus être garantie dans les eaux britanniques et françaises, en raison des combats fréquents qui mettaient aux prises, dans ces parages, des sous-marins allemands et des navires marchands alliés ; ces derniers étaient, en effet, armés et avaient reçu l’ordre de se servir de leurs armes aussi bien que d’éperonner les sous-marins.
Le 1er janvier 1940, le Haut Commandement des sous-marins allemands, agissant selon les instructions de Hitler, ordonna aux sous-marins d’attaquer tous les navires de commerce grecs dans la zone entourant les Îles Britanniques, zone qui était interdite à leurs propres navires par les États-Unis, ainsi que les navires de commerce de toute nationalité, dans la zone limitée du canal de Bristol. Cinq jours plus tard, un autre ordre fut donné aux sous-marins, selon lequel ils « devaient immédiatement et sans restriction faire usage de leurs armes contre tous les navires » dans une zone déterminée de la mer du Nord. En fin de compte, le 18 janvier 1940, les sous-marins reçurent l’autorisation de couler sans avertissement tous les navires se trouvant « dans les parages des côtes ennemies où l’on peut présumer que des mines ont été posées ». On fit une exception pour les navires des États-Unis, de l’Italie, du Japon et de l’Union Soviétique.
Peu de temps après le début de la guerre, l’Amirauté britannique, conformément à son Manuel d’instructions pour la Marine marchande de 1938, arma ses navires de commerce, les fit souvent convoyer par une escorte armée et donna l’ordre de transmettre des rapports de position dès que l’on apercevait des sous-marins ; de cette façon, les navires de commerce devenaient partie intégrante du réseau avertisseur du Service naval de renseignements. Le 1er octobre 1939, l’Amirauté britannique annonça qu’elle avait donné aux navires de commerce britanniques l’ordre d’éperonner les sous-marins toutes les fois que cela était possible.
Vu ces données de fait, le Tribunal n’est pas disposé à admettre la culpabilité de Dönitz en ce qui concerne la guerre sous-marine qu’il a menée contre des navires de commerce britanniques armés.
Cependant, le fait que certaines zones furent déclarées zones d’opérations et que des navires de commerce neutres pénétrant dans ces zones furent coulés, pose une question différente. Cette pratique fut suivie par l’Allemagne pendant la guerre de 1914-1918 et fut adoptée par la Grande-Bretagne en guise de représailles. La Conférence de Washington de 1922, l’Accord naval de Londres de 1930 et le Protocole de 1936 furent conclus en pleine connaissance du fait que pendant la première guerre mondiale de telles zones avaient été établies. Néanmoins, le Protocole ne fit aucune exception pour les
