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L’alchimiste s’arrachait surtout à la différence de leurs caractères physiques et soupçonnait à peine en quoi consistent véritablement les propriétés chimiques. Aujourd’hui le chimiste se sert des caractères physiques comme d’étiquettes, comme d’indications utiles, mais secondaires, nullement essentielles. Il distingue scientifiquement les corps par leurs diverses actions réciproques, par leurs propriétés d’analyse et de synthèse mutuelles qui sont les propriétés chimiques, et non par leurs propriétés d’impression sur nos sens qui sont purement relatives à nous et physiques. Les premiers progrès de la chimie datent de cette conception plus réfléchie. Ce qui préoccupait l’alchimiste dans son rêve de la transmutation des corps, c’était la conversion de propriétés physiques données en d’autres également physiques, en celles de l’or, par exemple ; les combinaisons les intéressaient surtout à ce point de vue. Ces résultats tout industriels ne sont pas dédaignés du chimiste moderne, mais ils sont les applications, non le but scientifique de ses recherches,

La découverte de la loi des proportions définies et des équivalents a permis de distinguer nettement le mélange de la combinaison, et de fixer entre chaque corps et tous les autres une relation constante qui le caractérise chimiquement, c’est-à-dire indépendamment de son impression sur nos sens. De là une distinction plus essentielle des corps, car la corrélation entre les propriétés chimiques et les propriétés physiques n’est pas toujours exacte, de sorte que ces dernières ne différencient qu imparfaitement les essences. Il se présente des cas, comme l’isomorphisme et le dimorphisme, où des ressemblances ou dissemblances physiques ne correspondent plus à des caractères chimiques semblables ou dissemblables.