Le plus souvent, l’air pénétrant assez bien à travers le sol, l’œuvre destructive peut être accomplie par des êtres aérobies, par des mucédinées, qui provoquent activement la combustion de la matière : le carbone passe à l’état d’acide carbonique, l’hydrogène donne de l’eau, l’azote fournit une certaine dose d’ammoniaque qui demeure fixée sur la portion de matière non transformée. Le produit de ce travail est l’humus, mélange complexe de substances plus ou moins azotées, fréquemment acides et à ce titre solubles dans les alcalis comme la potasse ou l’ammoniaque, quelquefois alcalines et capables d’être dissoutes par les acides.
Ces matières brunes ont été quelquefois nommées les peptones du sol, et, en effet, comme les peptones, elles résultent de la digestion partielle des matières organiques et peuvent être utilisées en quelque manière pour nourrir les plantes. Comme les peptones aussi, elles sont de nature fort complexe et difficiles à définir au point de vue chimique.
Quand le sol est très compacte et n’est pas rendu perméable par les labours, l’air n’y pénètre pas et les micro-organismes ne peuvent accomplir leur fonction comburante. C’est ce qui arrive aussi assez souvent sur la terre des bois, recouverte d’une couche épaisse de mousse : les débris végétaux s’accumulent à sa surface, formant une sorte de tapis imperméable à l’air. Dans ce cas, des putréfactions s’établissent encore, mais elles sont l’œuvre d’autres êtres vivants infiniment petits, capables de subsister sans oxygène aérien aux dépens de l’oxygène des matières organiques. Sous l’action de ces microbes anaérobies, il se dégage encore un peu d’acide carbonique, mais celui-ci est accompagné d’un gaz inflammable, formé de carbone et d’hydrogène ; c’est l’hydrogène protocarboné ou formène. On l’appelle souvent gaz des marais, parce que dans la vase des étangs les fermentations anaérobies en dégagent
