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Chapitre III. — Le problème de la matière 
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§ 1. Historique et position actuelle du problème actuel de la matière. § 2. La crise de la physique à la fin du xixe siècle : la physique énergétique. — § 3. L’interprétation philosophique de l’énergétique. — § 4. Critique de la critique actuelle de la physique. — § 5. Ce que pensent de la physique les physiciens contemporains (Poincaré, Duhem, Mach, les mécanistes). — § 6. La matière d’après la physique contemporaine : vues générales. — § 7. Les enseignements concrets de la physique actuelle : la théorie électronique, l’énergie et la matière, les idées du Dr Le Bon. — § 8. Résumé et conclusions.
Chapitre IV. — Le problème de la vie 
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§. 1. Introduction historique. — § 2. Le néo-vitalisme (Driesch, Rheinke, Bergson, « les Thomistes », etc.). — § 3. La ligne de démarcation entre le mécanisme et le néo-vitalisme. — § 4. Le néo-vitalisme et le mécanisme ne diffèrent que dans les hypothèses philosophiques qu’ils surajoutent à la science. — § 5. Le mécanisme (Lamarckiens et Darwiniens, Le Dantec, De Vries, Naegeli, Weissmann, etc.). — § 6. Le mécanisme n’est, lui aussi, qu’une hypothèse. — § 7. Conclusions générales : les enseignements de la biologie.
Chapitre V. — Le problème de l’esprit 
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§ 1. — La psychologie et les métaphysiciens. — § 2. L’ancien empirisme et les anciennes conceptions antimétaphysiques. Le parallélisme psycho-physiologique (Taine, Wundt, etc.). — § 3. La critique moderne du parallélisme (Bergson, W. James, etc.). § 4. — Conception générale de l’activité psychologique. — § 5. Le problème de l’inconscient (Myers, Janet, Grasset, Ribot, etc.). — § 6. La psychologie et la notion de finalité. — § 7. Le problème de la survie. — § 8. Conclusions générales.
Chapitre VI. — Le problème moral 
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§ 1. La morale irrationnelle : mysticisme ou traditionalisme. — § 2. Le rationalisme métaphysique. — § 3. Les efforts contemporains pour fonder une morale scientifique (Durkheim, Lévy-Bruhl, etc.). — § 4. — La science des mœurs.
Chapitre VII. — Le problème de la connaissance et de la vérité 
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§ 1. Solutions traditionnelles. — § 2. La critique pragmatiste. — § 3. Indications relatives A une solution du problème de la vérité. — § 4. Le problème de Terreur. — § 5. La théorie de la connaissance.
Chapitre VIII. — Conclusion générale : la philosophie de l’expérience 
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