Les reproches que l’on peut faire au mécanicisme, pour être d’une autre nature, ne sont pas moins graves. Le mécaniciste méconnaît la modalité spéciale des phénomènes vitaux : en affirmant que cette modalité n’est qu’apparente et qu’elle est réductible à l’ordre physique, il sort de la science, il énonce une hypothèse sans preuves, et même sans commencement de preuves. Et comme la physiologie ne lui fournit aucun point d’appui, le mécaniciste moderne n’a pas plus de droit réel à invoquer l’autorité de la science que n’en avaient en leur temps les atomistes de l’antiquité, Démocrite et Épicure. S’il est possible logiquement que la modalité vitale soit réductible au mode mécanique, nous ne voyons nulle part cette œuvre de réduction commencée. Il y a plus : les phénomènes que l’on s’était habitué depuis Lavoisier à regarder comme purement chimiques font retour aujourd’hui au monde vital. « Il n’y a peut-être pas un seul phénomène chimique dans l’organisme qui s’exécute par les procédés de la chimie de laboratoire. Tous ceux que l’on connaît le mieux empruntent le secours d’agents spéciaux à l’organisme vivant, agents que l’on désigne sous le nom de ferments. Le résultat est sans aucun doute le même que les chimistes imaginaient, mais le moyen est tout différent, et le physiologiste attentif surtout aux procédés de la nature vivante peut reprocher au chimiste de lui avoir montré le phénomène tel qu’il aurait pu être, mais non pas tel qu’il était. La nature inanimée n’est point le modèle rigoureux de la nature vivante. »
Cl. Bernard a mis cette vérité dans une pleine lumière, en passant en revue les phénomènes de l’être vivant, que l’on a pu croire d’ores et déjà réduits à la causalité chimique, c’est-à-dire les phénomènes de la respiration, de la digestion et de la contraction musculaire.
Les idées mécanicistes qui confondent l’ordre vital avec l’ordre physique ont pris un puissant essor le jour où Lavoisier assimila la respiration des êtres vivants à une combustion chimique. Le plus obscur des faits vitaux, cette production de chaleur qui naît et persiste avec la vie et qui cesse avec elle pour faire place au froid de la mort, cette flamme innée des anciens, n’était pas autre chose que le vulgaire phénomène par lequel le charbon de nos fourneaux ou le bois de nos foyers se consument en nous échauffant. Mais la doctrine de Lavoisier, après avoir régné souverainement dans la science, ébranlée chaque jour par les recherches contemporaines, a succombé définitivement. La respiration est un phénomène spécial accompli par des agents particuliers de la nature des ferments, dont la combustion chimique offre peut-être l’équivalent, mais non pas l’image fidèle. De même, les phénomènes de la contraction muscu-
