Dijon, et, à ce titre, chargé en 1626 de deux missions importantes : l’une à Beaune (où siégeait alors la Chambre des Comptes de Bourgogne) pour y solliciter « surséance » à un édit royal contraire « au libre consentement de l’impôt par les Etats » du Duché ; l’autre à la Cour, où il accompagne le fils d’une autre vieille famille bourguignonne bien connue, Febvret, pour soutenir les mêmes réclamations et pour défendre la Ville contre les empiétements du Parlement. Mais il y avait à livrer bataille : il en est ravi. Il écrit que « le courage lui croit à mesure que le conflit approche. » Il échoue cependant, et c’est alors, en 1630, à la suite du refus royal, que « les esprits à Dijon » et dans la campagne environnante « s’échauffent ; » la sédition dite du « Lanturelu » éclate et envahit la cité surprise. Bénigne, alors, harangue les émeutiers sur la place de Saint-Jean, sa paroisse, défend l’ordre, prêche l’obéissance. Cette attitude loyale « le fait désigner pour des fonctions plus hautes. » Il est appelé à s’asseoir au banc des « gens du Roi » dans ce Parlement qu’il a combattu. Il y est nommé, dès février 1631, substitut du procureur général. Mais il garde « avec cette nouvelle charge, celle de « conseil des Etats, » et y ajoute, en 1633, la fonction de « contrôleur particulier des impositions de la ville de Nuits, » qu’il achète pour 14 000 livres.
Seulement il était bien difficile désormais qu’à Dijon, son avancement se poursuivit : les Bossuet, les Mochet, les Humbert, les Bretaigne, et les autres familles « tenant » à eux plus ou moins, avaient trop de représentants dans la magistrature locale. Ils eussent fini par juger en famille. Il doit donc, s’il veut grandir encore, émigrer.
C’est pour les Trois Evêchés qu’il part en 1638. On vient d’y créer, à Metz, cinq ans auparavant, un neuvième parlement, où son oncle, Antoine Bretaigne, l’a précédé et l’appelle. Au reste, d’être autorisé à acheter une charge de conseiller à cette cour nouvelle, c’est une preuve de la confiance royale : il y faut des gens sûrs ; les difficultés ne manquent pas alors au pays lorrain, du fait des survivances féodales, de la guerre avec l’Empire, de l’hostilité intrigante du duc de Lorraine. Bénigne Bossuet, installé en 1638 à Toul, où le Parlement de Metz avait été transféré en 1636, et où il restera vingt années, assume nombre de missions diverses : négociations à Metz en 1638, 1639, 1648 pour tirer de l’Assemblée des Trois Ordres
