Et puis, au moment où la France devait mettre sur pied une armée nouvelle, n’avait-elle point à tirer toutes les ressources disponibles de son état-major général ? Le 24 fructidor an XIII (11 septembre), Malet reçut l’ordre de « partir six heures après la réception de la présente pour se rendre en poste à Bruscia où il devait arriver le 1er vendémiaire (23 septembre) et serait employé sous les ordres de M. le maréchal Masséna, commandant en chef l’Armée d’Italie. » Affecté à la 5e division, commandée par le général Seras, il y prit, le 17 vendémiaire XIV (19 octobre), la direction de la 3e brigade composée du 53e de ligne et de la légion corse.
Bien plus qu’aux Autrichiens, Malet eut affaire aux insurgés du Parmesan et du Plaisantin : ce qui lui donne l’occasion, une première fois, de retenir sans ordre, pour renforcer sa troupe, les détachements de conscrits en route pour Plaisance ; une autre fois, sur le bruit que les insurgés vont l’attaquer en force, de demander deux cents hommes au dépôt d’un régiment de chasseurs : « Vous pouvez me dire, écrit-il, que vous n’êtes point sous mes ordres, mais l’urgence des circonstances lève votre objection. Soyons unis pour battre l’ennemi ; vous ne serez pas sous moi ; nous serons ensemble et nous ferons notre devoir. » En même temps, il range à son commandement les autorités civiles, fait retirer les ponts volants sur le Pô et sur le Tessin et, sans coup férir, dit-il, oblige les insurgés à se retirer dans les montagnes. Milet ne prit donc aucune part aux opérations actives de l’Armée d’Italie et à la bataille de Caldiero.
Le traité de Presbourg amena un remaniement de l’armée qui revint sous le commandement du prince Eugène qualifié lieutenant de l’Empereur. Le 25 février 1806, le prince vice-roi nomma le général Malet commandant supérieur de la province de Veronette et le chargea de présider le conseil de révision qui devait se réunir à Vérone. Cette mission dura environ trois mois.
Le 25 juin, le prince désigna Malet pour être employé sous les ordres du général Duhesme « qui lui-même faisait partie de l’Armée d’Italie et dont le quartier général était à Civita-Vecchia. » Pour bien des raisons, la mission confiée à Duhesme n’était point autrement définie : elle consistait à occuper, avec des effectifs très réduits, les côtes des États pontificaux pour y empêcher la contrebande et à maintenir la liberté des communications
