En 1871 se place la publication de la Descendance de l’homme, où Darwin s’attache à établir l’origine de l’homme d’après les principes de l’évolution et de la sélection ; l’accueil qui lui est fait a beaucoup perdu de cette acrimonie qui salua l’apparition de l’Origine des Espèces. C’est en 1871 aussi que fut publiée l’Expression des émotions. D’autres œuvres suivent bientôt : la Fertilisation des orchidées, la Fécondation croisée et directe, les Plantes grimpantes, la Faculté du mouvement chez les plantes, etc. En 1875 Darwin est appelé devant la commission sur la vivisection, pour donner son avis. Sur ce point, il est très catégorique. Darwin, l’homme au cœur tendre par excellence, que l’esclavage humain a douloureusement impressionné au Brésil, qui ne maltraite jamais un animal, et dont les idées zoophiles sont si bien connues dans les environs de Down que les cochers osent à peine fouetter leurs chevaux, dans la crainte d’une verte semonce, Darwin, écrivant à Ray Lankester, dit : « Vous me demandez mon opinion sur la vivisection. Je suis tout à fait d’accord avec vous, et je la trouve justifiable quand il s’agit de recherches physiologiques véritables, mais non quand il s’agit d’une simple curiosité, à mon avis détestable et condamnable. C’est un sujet qui me rend malade d’horreur, et je n’en parlerai plus, sans quoi je ne pourrai fermer l’œil de la nuit. » Sir Thomas Farrer a recueilli le même témoignage, et a dit que Darwin était fermement convaincu que l’interdiction d’expériences sur les animaux vivans arrêterait nos connaissances sur la maladie et les remèdes à lui opposer. À l’appui de ses idées, il cite les expériences et les résultats de Pasteur, de Virchow. L’opinion de Darwin est celle de la majorité des personnes compétentes, qui savent, par expérience, ce que la médecine doit à la vivisection, et reconnaissent cependant la déférence que l’on doit à ce sentiment si naturel : l’horreur de la souffrance inutile. Il est tant de souffrances et de douleurs dont le but nous échappe, que c’est un crime que d’en augmenter sans nécessité le nombre.
En 1878, l’Académie des Sciences appelle Darwin à elle, dans la section de botanique. Il y avait eu, en 1872, une tentative pour le faire élire, tentative dont M. de Quatrefages, l’honoré naturaliste, avait pris l’initiative, semble-t-il, et à laquelle M. de Lacaze-Duthiers s’était rallié, à la grande satisfaction de Darwin, qui estimait fort ses nombreux travaux ; mais cette tentative n’aboutit point. L’élection se fit en 1878 ; il eut 26 voix sur 39 (dont sept bulletins blancs) ; il écrivait à Asa Gray, élu en même temps que lui : « C’est une assez bonne plaisanterie que j’aie été nommé dans la section de botanique, étant donné que mes connaissances me permettent tout juste de savoir que la marguerite est une composée, et le pois une légumineuse. » La même année, l’académie des sciences de Berlin lui
