Les Européens amenaient d’ordinaire avec eux des missionnaires catholiques : les Portugais avaient rempli l’Inde méridionale de Jésuites ; les Français y mirent des Capucins. Dès le 15 janvier 1674, plusieurs Capucins « de la province de Touraine » s’établirent à Pondichéry. En 1683, ils construisirent une église, sous le vocable de Saint-Lazare, aux frais d’un Indien, « chef des marchands malabars de la Compagnie française », Lazare de Mota, qui leur fit don du terrain et des bâtiments en 1686. Mais ils avaient déjà des concurrents ; en 1695, les Jésuites firent construire une église sur un terrain que leur avait donné, en 1675, un nommé Taniapamodély. En 1702, la cure des noirs fut enlevée aux Capucins pour être donnée aux Jésuites ; les Capucins restèrent chargés du service de la ville blanche et de la chapelle qu’on éleva plus tard, en 1726, dans le Fort Louis, sous le nom de « église Saint-Louis ». Une ordonnance royale de mars 1695 avait permis aux Jésuites français de s’établir aux Indes : on voit qu’ils n’avaient pas perdu de temps. Une lettre pastorale de l’évêque de Saint-Thomé, du 15 novembre 1712, avait nettement délimité le domaine des Jésuites et celui des Capucins ; cependant, ces derniers se plaignaient continuellement des envahissements de leurs pieux émules : le 21 août 1749 notamment, ils articulaient que « les Jésuites, non contents d’avoir à eux les chrétiens habillés à la malabare, donnent la communion à des matelots et à des soldats ».
L’église Saint-Lazare, qui était au sud-est du Fort, ne dura pas longtemps ; le 15 avril 1709, les Capucins avaient commencé le service divin dans une nouvelle église dédiée à « Notre-Dame-des-Anges ». Trente ans plus tard, celle-ci
