Sur les réclamations de la Valette, l’abbé de Clairvaux, Claude Largentier, réduisit à 22 le nombre des religieux de Fontenay. Les guerres sans cesse renaissantes, les malheurs des temps avaient diminué sensiblement les revenus de l’abbaye; c’est pour cela que le nombre des moines devait aussi diminuer[1].
En 1608, Dom Fauconnier, vicaire général de la Valette, prieur de Fontenay, sous-prieur du Val-des-Choux a été nommé aux États de Bourgogne.
42e abbé
8e abbé commendataire
Charles Pérusse d’Escars, évêque de Langres
Charles Pérusse d’Escars, d’abord évêque de Poitiers, passa à Langres en 1572. Il fut abbé commendataire de Bèze, de Saint-Bénigne, de Molesmes, de Pothières ; il avait la réputation d’un excellent abbé. En 1585, il fut choisi par le Parlement de Dijon pour terminer les difficultés entre Montrigaud, abbé de Notre-Dame de Châtillon et ses religieux les chanoines. Son administration n’était pas paternelle, car il était surnommé le fléau des abbés[2].
Charles d’Escars bénit à Dijon l’église Saint-Nicolas, le 10 juin 1610, celle des capucins en 1611[3].
La même année, Étienne Maillard et Nicole Bouriot, sa femme, de Marmagne, s’abandonnent