Marat montra un vif intérêt pour Chalier, mais lui-même, mais Robespierre et les Jacobins se trouvaient dans une situation assez difficile. Ils poursuivaient à Paris les enragés qu’ils voulaient sauver à Lyon. Ils firent chasser des Cordeliers, le 30 juin, Leclerc, ami de Chalier.
Les liens de Chalier avec la masse du parti jacobin semblent n’avoir pas été bien forts ; c’était en réalité un homme isolé, tout à part, qui devait sa puissance à son inspiration indépendante, à la spontanéité visible de son exaltation. Même plus tard, lorsque Chalier mort eut son apothéose, cela n’empêcha pas plusieurs de ses fidèles d’être persécutés.
La dangereuse mission de porter à Lyon le décret de la Convention en faveur de Chalier fut obtenue par un autre Italien, le patriote Buonarroti (arrière-neveu de Michel-Ange). Mais la situation était encore empirée quand il arriva. On le jeta en prison. Les royalistes soi-disant convertis avaient gagné du terrain. À force de jurer et de se dire républicains, ils parvenaient à se faire accepter. Hommes d’épée, de robe, ils primaient aisément parmi les Girondins, qui presque tous étaient marchands. Ceux-ci firent maire, le 15 juillet, un M. de Rambaud, ancien juge de la sénéchaussée. Avec un tel choix, Chalier était mort.
À grand’peine il avait trouvé un défenseur mercenaire qui, pour deux mille quatre cents francs, consentit à parler pour lui. Le jugement n’en fut pas un. Le peuple menaça les témoins à décharge et
