Ce sont eux qui obtiennent, le 17 février 1548, le patronage de deux messes par semaine fondées à Saint-Alban par Benoît Descotes, prêtre habitué de l’église.
Lors de l’occupation de la ville par les protestants, ceux-ci, allant prendre possession du cloître de Saint-Jean, devaient fatalement rencontrer devant eux la petite église de Saint-Alban ; ils s’en emparèrent et y commirent de nombreuses et graves déprédations. La réparation de ces dégâts exigeait une somme importante, et cette considération décida les religieux de Saint-Claude à renoncer définitivement à leur bénéfice. Le 14 septembre 1574, leur abbé, Marc de Rye, vendit le prieuré à Néry de Tourvéon, lieutenant général civil et criminel en la sénéchaussée de Lyon, et à Catherine de Chaponay, son épouse : depuis cinq ans déjà, Tourvéon en avait la jouissance, y ayant été subrogé en 1569 par Laurent Rabot.
À cette époque les custodes de Sainte-Croix utilisaient Saint-Alban presque exclusivement pour l’enseignement du catéchisme aux enfants du quartier. De loin en loin cependant une sépulture avait encore lieu dans son cimetière. Mais c’était surtout le voisinage immédiat de la maison de Roanne, siège de la sénéchaussée, qui valait à l’église de voir son enceinte s’emplir à certains jours. Du fait de ce voisinage, « Messieurs de la justice » s’étaient en effet accoutumés à la considérer comme la leur et à en user comme telle. Chaque année, après la Saint-Martin, à l’ouverture des cours, les membres de la sénéchaussée et du siège présidial s’y rendaient en corps, accompagnés des avocats et procureurs ; ils assistaient à la messe du Saint-Esprit, après laquelle ils procédaient à la prestation du serment.
Chaque année aussi, le 19 mai, fête de Saint-Yves, les conseillers du roi, notaires en la ville de Lyon, célébraient à Saint-Alban leur fête patronale. Tout membre de la communauté était tenu de fermer son étude ce jour-là et d’assister à la messe, sous peine d’amende. En outre, le dimanche qui suivait le décès de l’un d’eux, une messe était célébrée dans la même chapelle à l’intention du défunt.
Enfin Saint-Alban était le siège de la confrérie de Saint-Nicolas, dite vulgairement du Palais ou de la Basoche, instituée par la communauté des procureurs, qui y faisait célébrer la messe tous les dimanches. Les derniers jours de mai ou les premiers de juin, la procession de la Basoche se déroulait, partant de Saint-Alban, passant « devant la grande église, par la brèche Saint-Jean au Change, par la Juiverie, devant Saint-Paul, au puis de la Sail en rue de Flandres » et rentrant par la rue Saint-Jean. À son retour une grand’messe était chantée à laquelle assistaient Messieurs de la justice et Messieurs de la Ville. Le chroniqueur qui a noté ces détails dans les registres de Sainte-Croix a soin d’ajouter que la messe n’était point suivie d’un sermon. Pouvait-il en être autrement pour les enfants de la Basoche, condamnés par profession aux interminables auditions ?
Les entreprises d’un chapelain perpétuel de la grande église, chargé du service religieux de la confrérie, suscitèrent, au milieu du xviie siècle, les protestations des custodes de Sainte-Croix. Tenant de Messieurs de la justice la clé de la chapelle, Pierre Crespé n’avait point tardé à la considérer comme son fief. Non content d’en conserver la clé et d’en refuser l’entrée aux vicaires de Sainte-Croix et autres prêtres qui voulaient y célébrer, il
