1264, par saint Bonaventure. Le pape Clément IV l’honora d’une bulle l’année suivante. Grégoire XIII l’érigea en archiconfrérie, le 26 avril 1378, et lui confia, en 1382, le soin de délivrer les chrétiens esclaves des mains des infidèles.
C’était une tradition conservée par la compagnie des pénitents de Notre-Dame du Confalon de Lyon, qu’elle eut, elle aussi, pour fondateur saint Bonaventure, venu à Lyon, en 1274, pour assister au concile général convoqué par le pape Grégoire X, qui fut tenu dans l’église cathédrale Saint-Jean, avec un immense concours de cardinaux, de prélats, d’ambassadeurs, de souverains de l’univers entier. Saint Bonaventure aurait établi cette fondation dans le cloître des Cordeliers, où il devait mourir bientôt après, trois jours avant la fin du concile, le 14 juillet 1274.
La première chapelle des pénitents du Confalon de Lyon était dans les bâtiments des Cordeliers, du côté du Rhône, sous le dortoir des religieux. Détruite par les protestants, qui s’emparèrent de la ville le 30 avril 1362 et en restèrent les maîtres pendant seize mois, la confrérie du Confalon fut restaurée en 1377, par le zèle de deux gentilshommes lyonnais, Maurice du Peyrat et Justinien Pance, avec la protection des conseillers de la ville et du consentement de Pierre d’Épinac, archevêque de Lyon. Le pape Grégoire XIII approuva, par une bulle, ses statuts et règlements. Agrégé à l’archiconfrérie du Confalon de Rome, le 9 février 1378, elle fut érigée à Lyon, sous le titre de l’Assomption de la Sainte Vierge. Dès l’origine, elle s’était recrutée dans l’élite de la cité. En 1382, Henri III, roi de France, de passage à Lyon, voulut assister, en qualité de simple confrère, aux exercices de la Compagnie, d’où elle prit le nom de Compagnie royale.
En 1730, les pénitents du Confalon de Lyon firent imprimer, en un volume, leurs statuts et règlements, qui révèlent l’esprit et le but de leur association. Le but était la sanctification des confrères agrégés, par l’observation stricte des devoirs du chrétien, l’exercice de la charité envers les pauvres, les malades et les prisonniers, la réconciliation des ennemis, la pratique de la pénitence, la fréquentation des sacrements, les prières pour les morts, l’assistance régulière aux exercices dans la chapelle et aux processions qui se faisaient au dehors, notamment dans la nuit du jeudi saint pour visiter les reposoirs, et le 29 août pour acquitter, à Saint-Roch, dans la chapelle de la Quarantaine, un vœu à l’occasion de la peste de 1377. L’assiduité des confrères aux offices de la chapelle était exigée et la régularité de leur vie dans le monde sanctionnée par la peine de l’exclusion. Il était de fondation au Confalon qu’en cas de grave maladie du roi, de la reine ou des princes de la maison royale, les pénitents se mettaient en prières dans la chapelle et se relevaient jour et nuit, tant que le danger était sérieux. En 1744, après la guérison du roi Louis XV, qui avait fait à Metz, au mois d’août, une très grave maladie, les corps et compagnies de la ville témoignèrent un grand empressement à rendre à Dieu des actions de grâces publiques. Les pénitents du Confalon célébrèrent à cette occasion, le 17 septembre, une fête dans leur chapelle, où les chants du Te Deum et de l’Exaudiat furent suivis d’une messe en musique, accompagnée du bruit des trompettes et des boîtes, et, le soir, d’une brillante illumination au portail, sur tout l’enclos de la chapelle et aux maisons des confrères.
