En 1461, on trouve un accord conclu entre le prieur de la Platière et celui des Carmes au sujet de l’acquisition de deux maisons et deux cours rue Sainte-Catherine, limitées à l’est par la rue, au nord et à l’ouest par le couvent, enfin au midi par la maison de Marguerite, femme d’Edmond Bozon. Le 26 novembre 1466, les conseillers de ville se rendirent chez les Carmes pour leur donner une partie de la rue des Auges afin d’agrandir leur couvent ; cette visite fut faite sur la sollicitation de Charles de Bourbon, archevêque de Lyon. Le 1er mars de l’année suivante, cette concession était accordée à la condition pour les Carmes de prier Dieu pour la prospérité et conservation des habitants de Lyon. On trouve, le 13 avril 1493. trace d’une vente faite par François Revenutti aux Carmes, de certains emplacements situés au bourg Saint-Vincent, moyennant 20 florins.
Laurent Bureau, prieur des Carmes et confesseur de Charles ’III et de Louis XII, obtint de ces princes les ressources nécessaires pour bâtir le monastère et l’église. Le provincial de l’ordre acheta un vaste emplacement au lieu dit des Auges sur lequel fut bâtie la maison connue depuis sous le nom de logis des évêques. Les protestants, conduits par le baron des Adrets « s’emparèrent de Lyon en 1562. Les Carmes furent bannis de la ville, leur maison fut mise au pillage et envahie par des voisins peu scrupuleux. Ils ne furent rétablis en possession de leur monastère que le 3 juillet 1563, par l’autorité du maréchal de Vieilleville, à la sollicitation d’un marchand de Lyon, leur père temporel, Henri Truchard ».
On a vu, dans l’article consacré aux Pénitents de la Miséricorde, que les Carmes leur avaient permis de faire une chapelle pour leurs dévotions, mais s’étaient réservés à eux-mêmes les grandes prédications à faire dans cet oratoire. « En 1675, Bedien Morange, grand-vicaire de l’archevêque de Lyon, sollicita des Carmes, l’autorisation de pratiquer temporairement des exercices spirituels dans la chapelle des Pénitents. Deux ans s’étaient écoulés et rien n’annonçait que l’abbé Bedien Morange dût cesser. Les Carmes perdirent patience quand ils apprirent que désormais le grand vicaire viendrait tous les dimanches pour y prêcher et donner la bénédiction. Le provincial de l’Ordre lui remontra humblement qu’il eût la bonté de ne pas leur faire ce tort d’élever autel contre autel. M. Morange ne voulut rien promettre. Le père Timothée, provincial, fit alors fermer la chapelle après avoir fait dresser procès-verbal des faits reprochés au grand vicaire. Le lendemain, 8 mai,
