C’est au travers de toutes ces difficultés administratives et financières, que M. Clot dut poursuivre sa noble et utile mission. Les obstacles qu’il rencontrait et que sa prudence contribuait à écarter ou à diminuer, ne semblaient véritablement servir qu’à stimuler son zèle. Il créa, dans son bel établissement de la rue de la Part-Dieu, des attractions nouvelles capables de retenir davantage encore le soldat dans sa maison, puis il acquit et développa considérablement la revue mensuelle L’Ami du Soldat, où il se plut à entretenir dans un style sobre et plein d à-propos, le bon esprit militaire, et à relater chaque semaine ce qui était de nature à intéresser les soldats.
En 1890, M. l’abbé Clot fut nommé, par le cardinal Foulon, chanoine honoraire de la Primatiale ; il était depuis longtemps chevalier de l’Ordre du Saint-Sépulcre ; à ces distinctions s’ajouta, en 1894, le prix Livet de 4.000 francs que lui décerna l’Académie de Lyon. En dehors de son œuvre militaire, l’aumônier de la Part-Dieu fut encore pendant de longues années le directeur des Prêtres adorateurs du Saint-Sacrement.
Malgré tant de soucis et de fatigues, le chanoine Clot avait gardé longtemps la vigueur de la jeunesse ; mais, en 1904, brusquement, lorsqu’il vit fléchir, sous les coups de la persécution, l’œuvre qui lui avait coûté tant de peines, sa santé chancela, et, dès lors, il alla toujours en déclinant. Ayant remis entre les mains de son archevêque le fardeau de ses fonctions, il se retira dans la maison des Chartreux qu’il avait longtemps habité autrefois. C’est dans cette atmosphère sacerdotale qu’il se prépara à la mort ; trois jours avant ce redoutable moment, le 18 octobre 1907, il avait reçu, en pleine connaissance, les derniers sacrements. Ses funérailles eurent lieu le 24 octobre suivant au milieu d’un concours considérable de prêtres, d’amis et de militaires accourus pour donner ce dernier témoignage d’affection et d’estime au directeur de l’œuvre Notre-Dame-des-Soldats.
La chapelle, située rue de la Part-Dieu, 88, dépourvue de tout caractère architectural, n’est qu’une grande salle dont l’aménagement intérieur répond à sa destination : tentures rouges agrémentées de drapeaux entourant le chœur où s’élève l’autel principal surmonté d’une belle Pietà ; murailles et plafond décorés à la fresque, fenêtres à vitres peintes et représentant des motifs militaires ; autel latéral dédié au Sacré-Cœur ; en face, statue de Notre-Dame de Lourdes sur un socle ; harmonium auprès des chaises et prie-Dieu réservés à MM. les officiers ; enfin, faisant face à l’autel de la Pietà et tout au fond de la chapelle, près de l’entrée, deux superbes tableaux dus à la palette du peintre Chevalier,
