Après avoir retracé l’histoire de l’abbaye et indiqué les diverses transformations subies par les bâtiments du monastère, il reste à parler de l’église proprement dite, ou plutôt des églises qui se sont succédé.
Une donation de 587 et celle du roi Lothaire de 864 déterminent sa position entre le Rhône et la Saône dans le faubourg de Lyon. L’archevêque Leidrat avait fait reconstruire l’église et le couvent, depuis les fondements, ainsi qu’il l’explique dans sa lettre à Charlemagne, vers l’an 807. Il ne doit rien en subsister, à l’exception peut-être des gros murs de la nef et du clocher.
Une lettre circulaire de Guichard, archevêque de Lyon, du 14 août 1173, adressée à tout le clergé, explique qu’il existe dans sa cité épiscopale, une noble église appartenant aux religieuses Saint-Pierre, laquelle menace ruine, à cause de son antiquité ; il ajoute que l’abbesse a entrepris, tant avec les ressources de la maison, qu’avec des secours étrangers, de la restaurer élégamment ; que ses ressources sont insuffisantes pour achever un monument si important ; aussi fait-il appel à la confraternité des archiprêtres, prêtres et prieurs, les suppliant de bien accueillir les envoyés du monastère et d’engager leurs paroissiens à verser des aumônes pour cette œuvre. L’appel paraît avoir été entendu puisque le portail, le porche et une fenêtre qui subsiste encore sur le flanc latéral et éclaire la deuxième travée, présentent le caractère de l’architecture romane du xiie siècle : ce sont évidemment des ouvrages de la restauration de l’église à cette époque.
En outre, l’on peut apprécier les dispositions alors adoptées, en consultant le plan scénographique de Lyon au xvie siècle et celui de Simon Maupin daté de 1625, qui représentent l’édifice avant les modifications subies plus tard. L’église ne se composait alors que d’une seule nef précédée d’un porche surmonté d’une tour à trois étages et fermée par une abside à cinq pans moins élevée que la nef, et placée à l’endroit où commence à présent le sanctuaire. Le mur du fond de la nef, au-dessus de l’arcade où s’ouvrait le sanctuaire, était percé d’une rosace et de deux fenêtres. À une époque qu’on ne saurait préciser, on appliqua au flanc sud de la nef la chapelle de la Sainte Vierge qui forme actuellement la dernière chapelle à droite, sous le vocable du Sacré-Cœur. C’était une sorte de petite église ; son abside circulaire orientée comme celle de l’église principale et son petit clocheton sont fort bien indiqués dans les plans dont on a parlé. La chapelle était accompagnée de cinq autres, deux à droite et trois à gauche, savoir : Saint-Sauveur, Saint-André, Sainte-Agnès et Sainte-Catherine, lesquelles formèrent plus tard une sorte de bas côté par l’ouverture d’arcades entre elles.
L’église paraît avoir conservé ces anciennes dispositions jusqu’au xviie siècle, époque où le monastère fut reconstruit, comme on l’a dit, sur les plans de François de Royers de La Valfenière, né à Avignon vers 1575, mort le 22 mars 1667. La première pierre du nouveau monastère fut posée le 18 mars 1659. On dut exécuter quelques travaux pour accorder les deux édifices. Le chœur des religieuses fut maintenu, comme il paraît avoir été de toute antiquité, au-dessus de la porte d’entrée et des premières travées de l’église : c’est à cause de cette disposition que le grand escalier du xviie siècle a été reporté vers l’angle sud-ouest, afin que du premier palier de la rampe, on pût arriver de plain-pied à cette tri-
