Pour empêcher l’adjudication des immeubles saisis, et prévenir un procès avec les héritiers Lacombe au sujet de la propriété de ces biens, le Consulat, par acte du 9 mai 1712, acquit de ces héritiers leurs droits contre le curé et les paroissiens de Saint-Michel, pour la somme de 3.198 livres 8 sols 6 deniers, montant de leur créance en capital et intérêts. Le 18 mai 1731, l’emplacement de Saint-Michel, la maison curiale, le cimetière et autres dépendances étaient adjugés, par sentence de la sénéchaussée, au prévôt des marchands et échevins, pour le compte de la commune, moyennant une rente foncière perpétuelle de 600 livres, à payer à la paroisse d’Ainay.
Le Consulat fit cession de ces mêmes immeubles aux recteurs de l’hôpital de la Charité pour la somme de 14.620 livres, dont 12.000 livres formant le capital de la rente de 600 livres due par la ville à la paroisse d’Ainay, et 2.620 livres pour droits, frais et loyaux coûts. Cette cession était consentie sous la condition que les acquéreurs établiraient que le terrain cédé une boucherie publique. Mais la ville ayant fait construire, vers le même temps, la boucherie des Terreaux, par un accord intervenu entre le Consulat et les recteurs de la Charité, et sur la proposition de la compagnie des fermiers-généraux, il fut convenu que la boucherie serait remplacée par un grenier à sel.
Finalement, par contrat passé en 1785, les recteurs de la Charité vendirent au roi Louis XVI le sol et les bâtiments de l’ancienne église Saint-Michel et ses dépendances et de plus une maison acquise par eux des héritiers Bossu, le tout destiné à agrandir l’arsenal et pour la somme de 43.000 livres.
Dans la nuit du 24 août 1793, les canons de Dubois-Crancé incendièrent l’arsenal et les maisons du quartier. Ce qui restait des bâtiments de Saint-Michel fut détruit par le feu. L’église elle-même avait été démolie un demi-siècle avant la Révolution.
