Le clocher est un spécimen intéressant de l’art roman en Lyonnais. Il se compose de trois étages ; l’inférieur est construit en blocs énormes, ce qui faisait penser à Steyert, que cette partie datait de la reine Brunehaut, qui avait doté richement l’abbaye. La porte de la façade, qui donne accès dans le porche, est ornée d’une archivolte richement sculptée, reposant sur des pilastres récents, placés lors du nivellement de la rue vers 1850 : le niveau de la rue s’était, en effet, tellement exhaussé, dans le cours des siècles, qu’il fallait enlever un mètre environ de déblais ; aussi descendait-on dans l’église par un escalier de huit marches. Les trois autres étages du clocher sont percés de fenêtres simples ou accouplées, cernées de colonnettes. Le haut est terminé par une pyramide quadrangulaire surmontée d’une croix, et accompagnée aux angles de quatre pyramidions.
Les faces du clocher présentent une décoration originale : des incrustations losangées de briques rouges, alternant avec des pierres blanches, forment des dessins variés, autour des archivoltes des fenêtres ; de plus, au milieu du troisième étage, une grande croix est incrustée. On remarque aussi une frise composée de rectangles de pierre, sur lesquels sont sculptés les signes du zodiaque, et autres scènes ; cet ornement, assez fréquent dans notre région, se retrouve sur la façade du clocher de Sainte-Foy-lès-Lyon, et se voyait autrefois sur celui de Saint-Martin et Saint-Loup à l’Île-Barbe, il existe encore à Saint-Rambert-en-Forez. Chaque étage est séparé du suivant par un cordon de pierres sculptées : quadrifeuilles et ornements semblables, présentant une réelle analogie avec la décoration de l’ancienne manécanterie de la Primatiale.
Dans le clocher se trouvent quatre cloches ; la plus ancienne existait avant la Révolution ; les trois autres ont été fondues par Burdin ; elles ont été bénies le 8 décembre 1834, par Mgr de Bonald et portent les noms de Benoît, Marie et Élisabeth. À droite et à gauche du clocher, l’architecte Pollet a fait construire, vers 1830, deux porches latéraux avec tribunes ; ils contrebuttent le clocher principal et leurs portes servent de dégagement à l’église. À la suite, à gauche, se voit la façade des fonts baptismaux sur le mur extérieur desquels on a encastré un tympan, qui pendant longtemps orna la porte du cloître. La sculpture de ce tympan, grossière et fort endommagée, représente des scènes de la vie de saint Jean-Baptiste : le festin d’Hérode, la danse de Salomé, la décollation du Précur-
