tions ou premiers projets de la dite chappelle ; la première pierre de laquelle a esté ce jour posée par mondit seigneur de Mandelot, officiant monsieur Jacques de Mestret, de l’ordre de Carmes, évesque de Damas, suffragant de l’église de Lyon, tout le clergé de ladite ville y assistant et psalmodiant, et après ce, est la dicte procession montée à Sainct-Just et de là, descendue à la dicte église de Sainct-Jehan, où la grand’messe a été dévotement célébrée. »
Le monument achevé, la première messe y fut célébrée, le 23 juillet 1581, en présence du gouverneur. « On confia la garde de la chapelle aux Pères Minimes qui, moyennant une somme annuelle de vingt écus, furent chargés de la desservir, chaque dimanche. On arrêta que chaque année, le premier vendredi après Pâques, il y aurait une procession générale à laquelle assisterait le Consulat. » Mais les bâtiments des hôpitaux Saint-Laurent et Saint-Thomas, pour considérables qu’ils fussent, ne suffisaient pas à contenir tous les malheureux atteints de la peste. Déjà en 1511, le Consulat avait fait construire des cabanes dans le pré d’Ainay. Il acheta de plus, du sieur Pons Murard, le tènement de la Fleur de lys, appelé plus tard la Quarantaine, situé au lieu de la Ferratière, ainsi qu’une maison et un jardin joignant les hôpitaux mêmes, et que les frères Athanase avaient vendu au sieur Pons Murard.
Dans le courant de l’année 1582, le Consulat chargea Bertin Ramus, peintre verrier de Lyon, d’orner de vitraux la chapelle. Celui-ci s’engagea « moyennant 130 écus d’or, à livrer les trois victres, avec leurs ferrures et treillis de fil d’archal, auxquelles victres serait dépeinct, scavoir : en celle du milieu, ung grand crucifix avec les ymaiges de Nostre-Dame, de sainct Jehan et de Marie-Magdaleyne, et aux aultres les ymaiges ou effigies de sainct Roch et de sainct Sébastien avec aussi les armoyries de monseigneur l’archevêque (Pierre d’Épinac), de monseigneur de Mandelot et de la ville. »
Le sanctuaire Saint-Roch devint dès lors un lieu de pèlerinage très fréquenté. Au reste, ce n’était pas trop de cette abondance de prières ferventes pour traverser les mauvais jours qui allaient se présenter. Au mois d’août 1628, la peste, après avoir désolé l’Italie et remonté le midi de la France, ravagea Lyon et fit 35.000 victimes en cette seule année. Toutes les histoires de Lyon sont pleines du détail de la catastrophe. La peste ne désarma pas. Elle revint, quoique moins impitoyable, en 1631, en 1638, en 1642, et ne disparut pour toujours, qu’à la suite du vœu formulé, le jeudi 12 mars 1643, parle Consulat de Lyon. Celui-ci était composé de : Alexandre Mascrany, trésorier général de France en la généralité de Lyon, prévôt des marchands, Louis Chapuis, Janton, Bornel, Guillaume Lemaistre et Jean Pillehotte, échevins, assemblés en l’Hôtel de Ville. On sait comment ils mirent Lyon sous le patronage de Notre-Dame de Fourvière.
Dès 1628, en pleine épidémie, le Consulat était tombé d’accord sur des réparations à faire à la chapelle Saint-Roch aux dépens de la ville ; mais ce ne fut qu’en 1644 que l’on agrandit et embellit la chapelle, d’après les dessins de Simon Maupin, agent-voyer de la commune. En 1643, la compagnie royale des Pénitents de Notre-Dame de Confalon y fit élever un autel « garnit icelluy de tableaux et aultres ornements à ses frais et despens », et y fonda une messe anniversaire à perpétuité.
