Deux ans plus tard, le 7 novembre 1609, les religieux embarrassés dans plus d’une difficulté, rappelèrent aux échevins rengagement que ceux-ci avaient pris spontanément de les assister « d’œuvres et de charité », et l’honneur qu’ils leur avaient fait de poser la première pierre de leur église dédiée à saint Louis : ils en obtinrent trois cents francs. Ce subside ne leur suffit pas, non plus que les dons minimes reçus de côté et d’autre. Le 21 mars 1611, M. Chalom, vicaire général, leur permit de quêter dans le diocèse, pour construire leur église. Les débuts, on le voit, étaient laborieux. Mais ce furent là d’excellentes garanties d’avenir. Le 24 août 1612, les Pères de la Guillotière, comme les appelait le peuple, avaient surmonté les embarras : ils songeaient à édifier, non plus l’église dont le gros était fait, mais une muraille qui joindrait le chemin allant du pont de la Guillotière à Vienne, au coin de la maison qu’ils avaient acquise de Claude Dagud. Ils placent, de plus, cinq ou six marches en dehors de cette muraille pour mener au futur portail de l’église, portail qui ne pouvait guère différer d’exister dès que le mur et les marches en auraient précisé le besoin. Leur désir se réalisa : l’alignement octroyé par les consuls hâta la construction du mur, lequel amena la chapelle.
Cette même année, le 10 septembre, les Tertiaires Franciscains de la Guillotière se réjouirent d’un événement considérable. Le P. Jérôme de Langres, provincial du tiers-ordre régulier, leur donna une partie d’un os du bras de saint Louis roi, patron de leur église, certifiant selon toutes règles canoniques qu’il l’avait tirée de la châsse du saint conservée dans l’abbaye Saint-Denis, par permission expresse de Sa Majesté. Mais ce ne fut qu’en 1617 que Robert Berthelot, évêque de Damas, suffragant de Lyon, consacra l’autel de la chapelle : il y enferma des reliques des saints Irénée, Georges et Laurent, martyrs. Dès lors, les dons de reliques et de pieuses images affluèrent dans l’église privilégiée.
