De son second mariage la fondatrice avait laissé un fils Béraud, qui devint Béraud X de Mercœur et l’un des personnages importants de son époque. Gouverneur militaire de la ville et du comté de Lyon, il aimait fort la Déserte et avait acheté, pour lui en faire don, un vaste tènement. Mais les Clarisses ne jouirent de la libéralité de leur protecteur que bien des années après, car le comte d’Auxerre y mit obstacle, dès la mort de Béraud X, et se fit attribuer la belle propriété où se trouve actuellement le Jardin des plantes. Il leur advint pis : Blanche de Châlon, par sa piété, n’avait pu se résoudre à laisser dans leur sublime pauvreté les religieuses qu’elle avait adoptées ; d’autre part l’archevêque Louis de Villars, soucieux d’obéir à la fameuse décrétale de Boniface VII, première loi universelle de la clôture pour toutes les moniales, prétendait que toutes, jusqu’aux sœurs que la règle de sainte Glaire autorisait à sortir pour le service du monastère ou pour la quête, fussent cloîtrées, et dès lors il menaçait de s’opposer au séjour des Pauvres Dames à Lyon si elles n’avaient pas un revenu assuré. Les Clarisses, n’ayant à choisir qu’entre la renonciation à leur plus cher privilège et l’exil hors d’une cité que la Providence leur avait visiblement destinée, acceptèrent les biens fonds et pécuniaires qu’on leur offrait.
Mais il était inévitable que leur ferveur s’atténuât, que leur fidélité cà leur propre règle fléchît ; elles ne tardèrent pas à tomber dans un état de vie ambigu. En outre, par suite des guerres du xve siècle, elles furent privées des avantages temporels qui avaient été la première cause de leur relâchement et une ironie cruelle des conséquences de cette faute leur fit abandonner la clôture même qu’elles y avaient prétextée. Après la clôture, ce fut leur habit qu’elles quittèrent pour celui des Bénédictines, et, en 1501, Catherine IV de Vallieux, vingt-quatrième abbesse, obtint du pape Jules II une bulle qui les mil sous le régime signifié par leur vêtement noir : elles devinrent complètement Bénédictines et vécurent dès lors de l’enseignement des petits enfants jusqu’en 1623. À cette date, elles recommencèrent à déchoir, tant au spirituel qu’au temporel, jusqu’à ce que, sous le pontificat d’Urbain VIII et moyennant une bulle de ce pape, madame de Quibly, abbesse, les rendit à l’observance de leur seconde règle mais mitigée.
Un Villars avait, avec les meilleures intentions du monde, détourné le premier essai de sainte Glaire, de Lyon : un autre Villars, on va le voir, fut meilleur auxiliaire des filles de saint François.
Le 15 janvier 1598, sept Clarisses Coletines partirent à pied du monastère de Bourg pour fonder à Lyon une maison de leur stricte réforme ; elles cheminèrent tout le jour et parvinrent vers le soir en un village nommé Pouilla dont les habitants s’étaient enfuis par la crainte des soldats du duc de Savoie qui approchaient, en sorte qu’elles ne trouvèrent pas un morceau de pain à manger et veillèrent la nuit dans de continuelles alarmes. Le lendemain, 16 janvier, elles se dirigèrent vers la petite ville de Bagé. M. de Lusinet, gouverneur huguenot, fut touché de leur détresse, et pour les servir charitablement, les fit conduire sans retard à Mâcon où M. Ligeret, officiai, les garda dans sa maison jusqu’au 12 mars. Un instant, elles purent espérer que les Maçonnais leur bâtiraient un monastère, mais la guerre de Savoie les avait ruinés et les Protestants s’étaient multipliés parmi eux. Nos pèlerines poursuivirent leur route, non sans avoir grossi toutefois leur paisible armée
