Ils furent ajoutés aux siens afin qu’il y eût quatre vers à graver sur chacune des deux pierres symétriques et carrées où se lisait l’inscription.
La chapelle fut achevée, en 1650, sous la prévôté de Charles Grolier et le consulat des échevins dont les noms sont mentionnés dans l’inscription dédicatoire. Elle fut bénie en 1632 et dédiée au Christ et non sous le vocable de saint Bernard, comme l’affirme l’Almanach de Lyon de 1755. Elle était desservie par les religieux réformés de l’ordre de Cîteaux dits Feuillants, établis à Lyon près du port Saint-Clair, en 1620, avec la protection du consulat et du gouverneur de Neuville d’Halincourt. En échange d’une libéralité du prévôt des marchands et des échevins pour la construction d’un corps de logis et de la promesse d’une pension annuelle, les Feuillants s’étaient engagés à servir d’aumôniers à la chapelle de l’Hôtel de Ville ; chaque jour, un de ces religieux y célébrait la messe. La pension de 800 livres que le Consulat payait aux Feuillants pour cette cause fut réduite de 300 livres en 1687.
À certaines fêtes consulaires, des solennités avaient lieu dans la chapelle de l’Hôtel de Ville. Le matin de l’élection des nouveaux échevins, la messe (ui avait été dite précédemment à cette intention dans la chapelle Saint-Jaquême, fut célébrée à l’Hôtel de Ville, après que le Consulat en eut pris possession. Le prévôt des marchands et les échevins sortants devaient y assister.
Pour la première fois, en 1655, le 21 décembre, jour de la fête de saint Thomas, l’oraison doctorale suivie de la proclamation du nom des nouveaux échevins fut prononcée dans la grande salle de l’Hôtel de Ville, après une messe dite à la chapelle ; auparavant, la fête consulaire avait lieu dans l’église Saint-Nizier.
En 1705, le Consulat prit une décision portant que désormais « aucun capitaine-enseigne ne pourra faire bénir son drapeau que dans la chapelle de l’Hôtel de Ville, par le curé de la paroisse de Saint-Pierre et Saint-Saturnin, en présence du Consulat, et sans que ledit enseigne ne soit accompagné des officiers de son quartier et de la plus nombreuse partie des soldats portant les armes, afin que cette cérémonie soit aussi publique qu’elle est nécessaire ».
La chapelle de l’Hôtel de Ville était parfois de dimension trop restreinte pour contenir tous les invités du Consulat à certaines fêtes religieuses ; en 1728, une messe chantée en musique, pour rendre grâces à Dieu du rétablissement de la santé de Mgr le maréchal duc de Villeroy, fut célébrée dans la grande salle voisine.
Le 13 septembre 1674, un terrible incendie exerça ses ravages dans la partie supérieure des bâtiments à peine achevés du nouvel Hôtel de Ville et faillit tout détruire. Le récit en est consigné dans la délibération consulaire du 17 septembre : le feu se déclara entre midi et une heure dans les combles, entre le couvert du grand escalier et le beffroi ; poussé par le vent du midi, il consuma la toiture, le plafond et les peintures de Blanchet de la grande salle, le beffroi et l’horloge, les charpentes et le couvert de la salle des portraits, de celle du consulat, et aurait dévoré toute l’aile du nord, si l’on n’eût pas pris le parti de faire la part du feu en coupant la toiture au-dessus de la salle des archives. La chapelle eut beaucoup à souffrir de l’incendie du beffroi. Le feu pénétra dans la
