Aymon de Montagny, dix-septième grand-maître et premier abbé des chanoines réguliers, ayant acheté la seigneurie de Saint-Antoine, le pape accorda l’église de Saint-Antoine aux frères de l’Hôpital, avec tous ses droits et toutes ses juridictions, sans que les Bénédictins pussent jamais élever aucune prétention. Il ordonna que les frères vivraient sous la règle de saint Augustin, qu’ils s’appelleraient chanoines réguliers, que le supérieur prendrait la qualité d’abbé, que l’abbaye serait chef de tout l’ordre et entièrement soumise au Saint-Siège.
Cet ordre fut tenu en grande estime. En 1306, le Dauphin de Viennois, du consentement de toute la noblesse, accorda à l’abbé la séance dans les États de Dauphiné immédiatement après l’évêque de Grenoble, et le droit d’y présider en l’absence de ce prélat.
L’empereur Maximilien Ier, en témoignage de sa considération pour l’ordre, lui donna pour armes, en 1502, celles de l’Empire, un aigle éployé de sable, becqué, membre et diadème de gueules, timbré d’une tiare impériale d’or, et sur l’estomac un écusson d’or à un tau d’azur.
Les grands et les puissants de ce monde, comme les foules populaires, se rendaient à l’abbaye de Saint-Antoine pour vénérer le corps du saint patriarche. Aymar Falcon dit qu’en une seule année il avait vu plus de dix mille Italiens, et une multitude si nombreuse d’Allemands et de Hongrois qu’on aurait dit de petites armées.
Outre plusieurs évêques que cet ordre a fournis à l’Église, il faut citer les cardinaux Jean Trivulce et François de Tournon, ainsi que le P. Bourel, un des grands mathématiciens du seizième siècle.
Quant aux observances, elles consistaient dans l’abstinence du mercredi, et les jeûnes d’Église, de l’Avent et de certaines vigiles. Le général était perpétuel ; le Chapitre général se tenait tous les trois ans, et l’on y élisait les supérieurs des maisons, qui la plupart avaient le titre de commandeur.
Après ces notions générales, il faut se demander à quelle époque les Antonins vinrent à Lyon. En beaucoup d’auteurs on lit : En 1279, Aimar de Roussillon, archevêque de Lyon, appela
