Trente ans plus tard, sœur Louise-Catherine Vernat étant supérieure, le 4 janvier 1671, l’église fut consacrée par Mgr Camille de Neuville, sous le vocable de saint François de Sales. Ce fut la première église dédiée et consacrée en France à l’honneur de cet aimable saint, ce La dévotion et le concours de peuple y furent extraordinaires, dit le court récit de la supérieure, nonobstant l’inondation des eaux qui était grande, occupant les rues jusques proche de notre monastère. » Je ne pourrais donner une idée de cette église, mais le chœur devait être grand, car il comprenait trente-sept stalles pour les sœurs choristes, y compris celle de la supérieure, ce qui faisait dix-huit stalles de chaque côté ; il y avait aussi trois grands bancs pour les sœurs associées. On y remarquait un grand tableau représentant un crucifix, avec la sainte Vierge et saint Jean l’Évangéliste de chaque côté de la croix, et sainte Madeleine au pied. La sacristie avait d’abord, en fait de linges d’église et d’ornements, été fournie par les sœurs de Bellecour, mais bientôt les religieuses de Sainte-Marie-des-Chaînes eurent complété cette partie du mobilier avec richesse. Ce monastère eut, à un moment donné, une très grande prospérité, on y compta jusqu’à trente novices.
Mais cette prospérité n’eut qu’un temps. En feuilletant les éloges funèbres des supérieures de Sainte-Marie-des-Chaînes, nous nous rendrons compte du changement de situation qui peu à peu s’opéra. Sœur Louise-Catherine Vernat, supérieure, mourut en 1689 ; il est dit d’elle : « Elle avait toujours l’œil de la prévoyance ouvert…, car il fallait avoir soin de l’entretien de plus de soixante personnes dont la communauté était composée, et payer de grands intérêts que l’on devait de l’achat de notre maison, et ses revenus très petits… Quand Dieu nous l’a ôtée, elle a vu cette maison beaucoup augmentée en de beaux fonds, sans dette et commodément logeable, à la réserve d’un bâtiment neuf qu’elle n’a osé entreprendre, pour y vivre selon la pauvreté évangélique. » Donc, à cette époque, il n’y avait pas de dette, mais, quoique commodément logeable, la maison était à reconstruire.
