Sarrasins se précipitent sur les Gaules, remontent le Rhône, arrivent à Lyon et détruisent l’abbaye. Elle ne fut relevée qu’en 954 par Amblard, cinquante-troisième archevêque de Lyon. Cette réédification considérable ne fut achevée qu’en 1070, par Jocerand, qui, d’abord abbé d’Ainay, devient ensuite le soixantième archevêque de Lyon.
L’église actuelle de Saint-Martin d’Ainay date de cette époque. Les énormes pierres de taille, que l’on voit entremêlées dans la maçonnerie de l’église, paraissent même avoir été tirées des débris de l’ancien temple ; une de ces pierres, placée au-dessus du portail, représente, dit-on, trois déesses, que beaucoup de personnes supposent être trois saintes, ne s’attendant pas à trouver là des divinités païennes.
L’église, consacrée par Pascal II, possédait un autel de l’Immaculée-Conception, le premier peut-être élevé en l’honneur
