Lyon, et il y avait tant à faire et à refaire qu’un peu de découragement entra sans doute dans les âmes. Cependant, en 1584, on releva tant bien que mal, plutôt mal que bien, l’église supérieure, mais on ne s’occupa pas encore de la crypte. Le P. Chifflet, jésuite, cité par les Bollandistes, écrivait, en 1620, que la crypte de Saint-Irénée existait privée de ses colonnes, dépouillée de ses brillantes mosaïques, et que l’on avait élevé au-dessus une église qui était loin de valoir l’ancienne. Ce n’est qu’en 1635 qu’un nouveau prieur, Claude Grolier, entreprit cette restauration : il fit relever le tombeau de saint Irénée, construire des piliers à la place des colonnes, rechercher les ossements des martyrs, qu’on sépara avec soin des débris profanes, pour les réunir dans un caveau, dont l’ouverture grillagée permet aux fidèles de les voir et de les vénérer. Enfin le respectable prieur compléta son œuvre par une fondation destinée à l’entretien perpétuel d’une lampe devant l’autel de saint Irénée. À son exemple, un sieur de Bagnols, intendant de la province du Lyonnais, fit une fondation semblable pour l’entretien d’une lampe devant brûler nuit et jour au-dessus du puits des Martyrs.
Aux époques calamiteuses de la peste, pendant les années 1623, 1628 et 1629, on remarqua que l’église de Saint-Irénée et ses alentours étaient demeurés seuls à l’abri du fléau, malgré le grand nombre de personnes qui de toutes parts accouraient dans cette église pour recevoir les derniers sacrements.
Dès lors la piété des fidèles envers nos saints martyrs lyonnais prit un nouvel essor. La confrérie établie sous leur patronage fut rétablie, et le Saint-Siège l’enrichit d’indulgences. Huit fois chaque année les chanoines-comtes y montaient en procession ; le chapitre de Saint-Just s’y rendait cinq fois par an, et toutes les paroisses de la ville le premier jour des Rogations.
Parmi les manifestations de la dévotion à nos saints martyrs, il en est une que je m’en voudrais d’omettre. Près de la crypte, on montre une chambre rectangulaire, sombre et froide, qu’on appelle la chambre de la recluse. Je ne sais s’il y en eut plusieurs, mais nous avons la preuve que Marguerite de la Barge y entra en 1683,
