Au xvie siècle, le Père Vincent Mussard ayant établi une réforme de stricte observance, il se trouva des religieuses qui voulurent imiter le zèle et la ferveur des religieux réformés. Marguerite Borrey, veuve de M. de Recy, et née à Besançon, fonda au bourg de Verceil, sur la frontière de l’Alsace, un monastère du tiers ordre de Saint-François, mais, comme la guerre à cette époque était fréquente en ces contrées, ce couvent fut, en 1608, transféré à Salins, en Franche-Comté, où fut bâti un magnifique monastère.
À quelques années de là (1615), quelques personnes pieuses, Mme Marguerite d’Ullins, femme de Pierre Clapisson, président des trésoriers de France, ainsi que Mme veuve Valance et les deux filles du baron de Vaux, formèrent le dessein de faire à Lyon un établissement de religieuses de Sainte-Élisabeth. Le P. François de Crespit, religieux et instituteur du tiers ordre de Saint-François et alors provincial de Lyon, fut chargé par ces saintes femmes de mener à bien leur projet de fondation.
Il y avait à cette époque, au monastère de Salins, une religieuse d’un grand mérite et d’une sainteté reconnue. Originaire du Poitou, elle s’était appelée dans le monde Mlle de Beaulieu, avait été de la maison de Mme de Villars, puis avait pris le voile et était devenue, comme maîtresse des novices, la Mère Magdeleine de la Croix. Ce fut cette si digne religieuse que demanda et obtint le Père François pour la fondation nouvelle. La Mère Magdeleine sortit donc de Salins, et le Père Provincial lui ôta en cette occasion le nom de la Croix pour lui donner celui de Saint-François. Elle fut amenée à Lyon dans le carrosse de M. Clapisson, accompagnée de M. Mérieu, fils du baron de Vaux, et Mlle de Plater, sa sœur.
Elle se retira d’abord dans une maison de louage avec les deux demoiselles de Vaux ; un peu plus tard, elle demanda à Salins deux autres religieuses, la Mère Élisabeth de Saint-Jean-Baptiste et la Mère Thècle. Aussitôt après leur arrivée, on commença l’établissement du monastère de Bellecour, vers la fin de l’année 1616, et, le jour de l’Épiphanie 1617, la Mère Magdeleine de Saint-François, en qualité d’érectrice et première supérieure, donna le saint habit
