En 1562, le pillage fut complet, le monastère fut dévalisé, on vendit même à l’encan, devant la porte du couvent, tous les objets mobiliers ; on estima à cinquante mille livres la perte subie alors par les Célestins. Treize mois après, quand ils revinrent, ils ne trouvèrent que des murs démolis, mais un grand nombre de personnes pieuses vinrent à leur secours, et le couvent fut bientôt restauré.
La peste, non pas la grande peste de 1628, mais celle de 1585, exerça aussi ses ravages aux Célestins. C’est du moins ce que raconte Rubys ; il dit qu’il n’y demeura « quasi personne. » Il est toutefois bien étonnant que le P. Benoît Gonon, Célestin de Lyon et historiographe de Notre-Dame de Bonnes-Nouvelles, n’ait rien dit d’un si grave événement. Il entre souvent dans de minutieux détails : il parle de divers incendies du couvent, d’une tribune de bois qui, le jour de Pâques, s’effondra sur les fidèles, il ne dit rien de cette peste de 1585.
En 1721, l’ancien couvent tombant en ruines, on le reconstruisit sur un nouveau plan. On peut se rendre compte de ce que fut ce nouveau monastère, si l’on veut bien jeter les yeux sur le plan de 1740 ; on y voit la façade des Célestins mesurant cent mètres de long et faisant un très bel effet. On voit encore aujourd’hui, sur le quai qui porte le nom des Célestins, des maisons ornées d’attiques et de frontons ; ce sont des parties conservées du soubassement de cette façade. Le réfectoire était la plus belle salle du couvent, il était orné d’un magnifique tableau de Vernansel fils, représentant les Noces de Cana.
Ce n’est pas la Révolution qui fit disparaître les Célestins, la fin de cet Ordre est une lamentable histoire. À peine l’édit de 1768, ordonnant que la conventualité fût rétablie dans toutes les communautés, eut-il été publié, que le Père Camille-Marie de Saint-Pierre, prieur des Célestins de Lyon, se mit en campagne. Il quitta brusquement son monastère, et, se disant chargé des ordres du gouvernement, il visita toutes les maisons de sa congrégation, afin d’amener, par des promesses ou des menaces, ses confrères à demander la sécularisation. Il se rendit ensuite à Paris, et fut assez habile pour se faire nommer provincial des Célestins de France ; il eut même
