En 1866, la confédération paraissant devoir passer à l’état de fait accompli, nonobstant de nombreuses protestations, M. Mercier jugea toute discussion ultérieure parfaitement inutile ; il se décida à laisser faire l’épreuve du nouveau régime, et rentra au Courrier. Plus tard, cependant, les provinces maritimes ayant remis sur le tapis plusieurs questions qui avaient paru décidées finalement, le jeune polémiste, mécontent de la manière dont on voulait régler ces questions, quitta de nouveau son journal et se consacra presque exclusivement à l’exercice de sa profession.
À part le prestige que lui avaient donné ses vigoureuses polémiques, il s’était aussi fait connaître par un grand nombre de conférences et de discours qui furent très remarqués.
En 1871, la question des écoles séparées du Nouveau-Brunswick, qui mettait en péril des droits précieux, le rappela dans l’arène. Il défendit vaillamment la minorité contre les attaques d’une majorité peu scrupuleuse et tenta alors, pour la première fois, de former un parti national qui devait permettre aux deux grandes fractions de la représentation bas-canadienne de se réunir et de combattre sur un terrain d’intérêt commun. Il fut un de ceux qui discutèrent avec le plus de vigueur et de succès, à la tribune et dans la presse, ces grandes questions, si importantes pour nos compatriotes des autres provinces.
En 1872, les électeurs de Rouville le nommèrent au parlement. À la première session, cette même question des écoles du Nouveau-Brunswick fut portée devant les chambres par l’honorable M. Costigan et souleva une longue discussion. Le jeune député prononça, sur ce sujet, un discours qui lui donna, du coup, une place marquante dans la chambre. On avait rarement entendu traiter une question avec cette largeur d’idées, avec cette tactique savante et cette logique pressée qui élucidaient tous les points, écartaient les obstacles et les arguments spécieux et groupaient enfin, comme en un faisceau, tous les plus puissants moyens à l’appui de sa thèse.
Lors du vote, le gouvernement fut défait par 33 voix ; mais le chef du cabinet, Sir John A. Macdonald, ne crut pas devoir donner sa démission.
Une nouvelle session fut convoquée dans l’automne de la même année, et l’on sait que le ministère démissionna au sujet d’un incident survenu en rapport avec la question du chemin de fer du Pacifique.
