En effet, l’an 1660, le terrible fléau éclatait au pays des Agniers, courait le long de la Mohawk et se répandait au loin parmi les autres cantons. Les ravages furent d’autant plus rapides que les sauvages ignoraient l’art de se prémunir contre l’épidémie et d’en enrayer le progrès.
La chrétienne ne put l’éviter. Elle se prépara à la mort par le regret de ses fautes et la soumission à la volonté de Dieu. Soumission méritoire, en présence des deux enfants qu’elle laissait orphelins. Car il semble que le père succomba lui-même au fléau.
Les deux enfants furent frappés à leur tour. Catherine échappa à la mort, mais non pas son petit frère : ce qui la laissa seule en ce monde. Elle avait quatre ans.
Elle portait les traces du terrible mal. « Son visage, dit le P. Chauchetière, qui estait bien fait auparavant, en fut tout gasté ; il s’en fallut peu qu’elle ne perdît la veue. »
Ce dernier trait est capital dans la vie de Catherine Tekakwitha. Ses yeux ne pouvaient supporter la grande lumière du jour. Elle dut se réfugier dans la cabane sombre, et, lorsqu’elle sortait, « elle se tenait, ajoute le P. Chauchetière en employant un mot qui s’est conservé parmi nous, toujours enveloppée en sa couverte ». De là, par nécessité d’abord, puis par goût, une vie absolument retirée,
