La grande église, bâtie vers la fin du xve siècle, en même temps que le cloître, par les soins de la « Nation florentine », est une gothique étroite et longue, avec des bas-côtés. La première chapelle, à droite en entrant, est celle de l'Assomption, édifiée en
1641, et décorée dans le style corinthien, par la communauté de la Grande Fabrique d’étoffes d’or, d’argent et de soie, qui l’ornera plus tard d’un grand retable doré renfermant une Assomption, de Thomas Blanchet. — La troisième chapelle est celle des Gadagne, cette illustre famille florentine dont la richesse est proverbiale. C’est Thomas de Gadagne qui l’a fait bâtir et l’a placée sous le vocable de son patron ; elle est décorée de six grosses colonnes d’ordre
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composite en marbre gris brun, les pilastres supportant des entablements à ressauts, et quatre arcs soutenant une voûte en coupole et à compartiments. A l’autel, on nous fait admirer un tableau du peintre florentin Francesco Rossi de Salviati, l’Incrédulité de saint Thomas, pièce unique, apportée d’Italie par Gadagne lui-même (au Musée du Louvre) ; en face, le monument, assez médiocre, du seigneur de Gadagne et de sa femme, avec leurs statues qui les représentent à genoux ; là aussi fut inhumé, en 1601, Guillaume de Gadagne, seigneur de Bothéon, ancien sénéchal de Lyon et lieutenant général de la provinces. — Dans la chapelle suivante, appartenant à la confrérie des batteurs et tireurs d’or, une charmante peinture de Jacques Stella montre saint Éloi assis et entouré de petits anges ; le bon évêque de Noyon, qui fut un merveilleux orfèvre, est devenu à juste titre le patron des ouvriers qui travaillent l’or, et en même temps celui des coffretiers et bahutiers. — Un grand nombre d’autres confréries ont ici leur chapelle, plusieurs même un simple autel, où elles viennent, une fois l’an, fêter leur patron et, à certains jours, prier auprès de la bannière. Ce sont : la confrérie du Crucifix, dans la chapelle de ce nom, fondée par Jean du Peyrat et appartenant aux Camus ; celle du Rosaire, aussi ancienne que l’ordre des Frères-Prêcheurs ;
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celle de Saint-Roch et Saint-Sébastien. Puis des confréries de métiers : libraires, relieurs de livres et imagers, patron saint Jean Porte-Latine ; imprimeurs ; pérolliers ou chaudronniers, dans la chapelle Sainte-Anne ; balanciers, forgeurs et taillandiers… Les chirurgiens, sous le patronage de saint Cosme et saint Damien ; les notaires, sous celui de saint Yves ; les « paulmiers », et jusqu’aux canonniers de l’Arsenal… Souvent, les membres de ces confréries viennent reposer, dans la mort, prés de l’autel où ils ont tant de fois prié.
