Saint-Thomas, élevé par les soins du richissime banquier florentin Thomas de Gadagne, sieur de Beauregard, à l'instigation du célèbre dominicain Sante Pagnini et sur les plans de l'architecte Salvator Salvatori. Ce dernier bâtiment est précédé d'un cimetière, contigu à la cour de l'hôpital Saint-Laurent et lui-même entouré de murs, au milieu duquel se dresse une grande croix.
C'est dans cette double enceinte que vinrent expirer, au milieu des plus tragiques angoisses, les malheureuses victimes des épidémies de 1564, 1577, 1582, et de celle, plus récente, de 1628 à 1629, qui fut aussi la plus terrible de toutes, puisqu'elle enleva près d'un quart de la population. Les Lyonnais ne peuvent passer près de là sans éprouver encore un sentiment d’effroi au souvenir des maux atroces qui, durant ces années maudites, s’accumulèrent sur ce point de la ville. Depuis le commencement du siècle, la peste avait cessé d'exercer ses ravages ; il semblait que Lyon fût enfin délivré du fléau ; les recteurs de l'Hôtel-Dieu avaient cru pouvoir louer l'hôpital Saint-Laurent à la ville,
qui y fit renfermer tous les pauvres mendiant par les rues. Quand la terrible épidémie de 1628 vint rendre cet asile à sa destination première. Les bâtiments ne purent bientôt plus suffire ; on y compta jusqu'à quatre mille, d'autres disent six mille malades, entassés pêle-mêle sur la paille ; il y en avait partout, dans les escaliers, les corridors, jusque dans les cours et les jardins. Quand vint l'hiver, des milliers de pestiférés ne savaient plus où s'abriter. Un grand nombre avaient appuyés leur huttes contre le mur d'une terrasse élevée au pied de la colline ; des pluies torrentielles minèrent les fondements de cette muraille, qui ensevelit sous ses
