Grégoire de Tours, en parlant de cette église, a fait
penser que dès le principe, elle avait été desservie par
une communauté religieuse, mais ces desservants n’étaient dans
l’origine que des chanoines séculiers. Clovis,
comme fondateur, fut enterré dans la basilique des
saints apôtres. Sainte-Geneviève, qui mourut quelques
années après, y fut également inhumée avec sainte
Alde, une de ses compagnes. En 857, les Normands
incendièrent la basilique de Saint-Pierre et des Saints-Apôtres
avec toutes les autres églises de la contrée, à
l’exception de Saint-Vincent et de l’abbaye de Saint-Denis
qui se rachetèrent à prix d’argent. En 1190, l’église
Saint-Pierre n’était pas encore rebâtie, mais depuis
la fin du 9e siècle elle portait le nom de la douce et
miraculeuse patronne de Paris. Les rois de France honorèrent
de leur protection les chanoines de Saint-Pierre,
nommés depuis de Sainte-Geneviève. Un diplôme du
roi Robert, de l’an 997, confirmant les donations qui
leur avaient été faites, en ajoute encore de nouvelles,
leur donne le droit de nommer leur doyen et de disposer
de leurs prébendes. Par une charte donnée en
1035, Henri Ier se déclare le protecteur de la vénérable
congrégation des chanoines de Sainte-Geneviève. La
châsse de la sainte était en grande vénération. Sous le
règne de Louis VI, vers l’an 1131, une maladie nommée
le feu sacré, décimait la population parisienne. Les
habitants demandèrent que cette châsse fut solennellement
apportée à l’église Notre-Dame. « Pendant la
procession, dit Jaillot, tous les malades qu’on nommait
les Ardents furent guéris, à la réserve de trois qui
manquèrent de foi. L’épidémie ayant disparu, la châsse
fut rapportée à Sainte-Geneviève et placée derrière
l’autel. » En 1148 un changement notable fut opéré
dans l’administration de l’église de Sainte-Geneviève.
Le pape Eugène, informé des désordres qui s’étaient
manifestés dans cette communauté, résolut d’y introduire
la réforme. Le souverain-pontife ne put réaliser
son projet. Louis-le-Jeune, obligé de partir pour la
Terre-Sainte, confia cette mission à l’abbé Suger qui,
après de grandes difficultés, parvint à faire entrer dans
cette maison douze chanoines de Saint-Victor. Il n’est
pas certain que la basilique élevée par Clovis ait subsisté
jusqu’au temps des Normands. D’après l’auteur de
Sainte-Geneviève, l’ancienne église était ornée d’un
triple portique, sur lequel on avait peint l’histoire des
patriarches, des prophètes, des martyrs et des confesseurs.
Après le départ des Normands, les chanoines de
Sainte-Geneviève ne firent à leur église que les réparations
urgentes. Ce fut Étienne de Tournai, élu abbé
en 1171, qui résolut de restaurer entièrement l’église.
Les travaux durèrent quinze années. À la fin du siècle
dernier on distinguait les parties réparées au dehors
de l’église, au midi et du côté de la nef. On voyait
encore au commencement du XVIIIe siècle, vers le haut
du pignon de l’église, un anneau de fer d’une grande
dimension. Il était scellé dans une pierre qui représentait
une tête d’animal. Anciennement, et surtout vers le
IXe siècle, lorsque les criminels venaient réclamer le
droit d’asile, la justice s’arrêtait au moment où le condamné
saisissait l’anneau de la grande porte afin d’y
passer le bras. « Comme on ne peut douter, dit un historien,
que la basilique de Sainte-Geneviève n’ait eu à
Paris la préférence sur beaucoup d’autres, je pense que
ce gros anneau a été attaché à la grande porte ou portique
jusqu’à l’époque où les asiles furent supprimés ;
mais pour en conserver le souvenir, on éleva ce même
anneau à une hauteur à laquelle personne ne put plus
atteindre. »
La réforme se soutint parmi les religieux de Sainte-Geneviève jusqu’aux règnes de Charles VI et Charles VII ; les guerres qui désolaient la France à cette époque, jetèrent bientôt le désordre jusque dans les monastères. Ce ne fut que sous Louis XIII qu’on songea à rétablir l’ancienne discipline. En 1624, le cardinal de La Rochefoucauld, pour se conformer aux intentions du roi, fit entrer dans cette abbaye le père Faure avec douze religieux, tirés de la maison de Saint-Vincent-de-Senlis. La réforme de Sainte-Geneviève achevée en 1625, confirmée par lettres-patentes de 1626 et par une bulle d’Urbain VIII, donnée en 1634, fut entièrement consolidée cette même année par l’élection du père Faure comme abbé coadjuteur de cette abbaye et supérieur général de la congrégation. On doit fixer à cette époque la triennalité des abbés de Sainte-Geneviève, la prématie de cette abbaye, chef de l’ordre, et le titre de chanoines réguliers de la congrégation de France, donné aux membres de cette communauté. La congrégation de Sainte-Geneviève se composait de 900 maisons en France et nommait à plus de 500 cures ; l’abbé était électif avec le titre de général et jouissait du droit de crosse, de mitre et d’anneau. Le cardinal de La Rochefoucauld arrêta dans son règlement, qu’à l’avenir les chanoines auraient le droit de choisir leur abbé dans leur communauté. Ce même prélat fit reconstruire le grand autel, le jubé, le réfectoire, l’hôtel abbatial et la crypte souterraine où l’on conservait le corps de Sainte-Geneviève ; il rétablit encore le tombeau de Clovis élevé au milieu du chœur. En reconnaissance des services signalés que le cardinal rendit à la communauté, on lui éleva, lorsqu’il mourut, un tombeau de marbre noir, qu’on voyait près du grand autel. L’ancien cloître de Sainte-Geneviève qui tombait en ruine, fut reconstruit en 1744. Louis d’Orléans posa la première pierre du nouvel édifice. L’ancienneté de l’église inspirait des craintes pour la sécurité des fidèles ; sa reconstruction fut jugée indispensable (voir l’article Panthéon Français). On voyait dans l’abbaye de Sainte-Geneviève une riche bibliothèque ; les bâtiments, qui ont été conservés, ont leur entrée par la rue Clotilde. Cette bibliothèque était remarquable autant par sa construction que par le choix des livres qu’elle renfermait ; le monument a la forme d’une croix ; au milieu est un dôme, dont la coupole a été peinte par Restout père, qui a représenté l’apothéose de saint
