Quant aux réparations des bâtiments religieux et ruraux de l’abbaye, elles furent continuées assez lentement. À cette époque, on était convenu de traiter de barbare le plus beau des styles chrétiens, et l’on n’eut garde de conserver à l’antique basilique son architecture originaire. Les piliers, formés de faisceaux de colonnettes, devenus trop faibles pour supporter la voûte, furent transformés en lourds pilastres entourés de maçonnerie ; la voûte dut être refaite et rabaissée de nouveau, par motif d’économie. De 14 mètres 45 centimètres, hauteur primitive, elle fut ramenée à 10 mètres 40 centimètres, hauteur qu’elle a encore aujourd’hui. La forme romane remplaça l’arc entiers-point. Heureusement, les chapelles étaient encore debout et conservèrent au pourtour de l’édifice la forme gothique[1].
Les monuments étaient réduits au nombre de quatre : celui d’Humbert III, à l’entrée de l’église réservée aux religieux, tout près du lieu qu’il occupait auparavant sous le cloître ; celui de Boniface, archevêque de Cantorbéry, à l’extrémité est de l’église ; celui de Louis, sire de Vaud, et de sa femme, dans la chapelle de Saint-Michel ; et celui d’Aymon et de sa femme Yolande, dans la chapelle des princes.
Dans le vestibule de la basilique, se trouvait le tombeau de Claude d’Estavayé, abbé d’Hautecombe et évêque de Belley[2].
Enfin, tous les travaux furent terminés en 1788, à la veille de la grande Révolution française qui allait bientôt chasser Dieu de son temple et les religieux de leur retraite.
