En avril 1872, Flaubert perd sa mère, et Saint Antoine est pour lui un refuge. « Au milieu de mes chagrins, j’achève mon Saint Antoine », écrit-il le 5 juin à Mlle Leroyer de Chantepie. Au mois d’août, une dernière correction lui apparaît indispensable : « remplacer les trois vertus théologales par la face du Christ qui apparaît dans le soleil ; renforcer le massacre à Alexandrie et clarifier le symbolisme des bêtes fantastiques ». Dès les premiers jours de septembre, la Tentation est décidément finie, il l’annonce ainsi à Mme Roger des Genettes : « Pour le Saint Antoine, je n’y ferai plus rien du tout. J’en ai assez, et il est temps que je ne m’en mêle plus, car je gâterais l’ensemble. La perfection n’est pas de ce monde, résignons-nous. » (Voir Correspondance, IV, p. 127.)
Saint Antoine est fini et Flaubert prépare Bouvard et Pécuchet sans se séparer de la Tentation. Il ne recueille que des déceptions et il vit dans un état d’irritation continue : les milieux littéraires ne partagent pas son enthousiasme pour l’œuvre de Bouilhet, qu’il vient de glorifier dans la préface des Dernières Chansons ; aucun écho ne lui répond. Écœuré, il rêve de théâtre, écrit le Candidat et le Sexe faible, qui lui réservent les pires désillusions. Quant à Saint Antoine, « je ne m’en occupe nullement. Ce livre maintenant n’existe plus pour moi. Quand le publierai-je ? je l’ignore », écrit-il à Ernest Feydeau en septembre 1873. Mais le Candidat est achevé, les répétitions sont poussées activement, tout le monde envisage un gros succès, et l’éditeur Charpentier conseille de hâter la publication de la Tentation. Saint Antoine est à l’impression, et Flaubert l’annonce à George Sand : « J’ai, hier, signé le dernier bon à tirer de Saint Antoine. Mais le susdit bouquin ne paraîtra pas avant le 1er avril, à cause des traductions. Saint Antoine est réduit pour moi à l’état de souvenir. Cependant je ne vous cache point que j’ai eu un quart d’heure de grande tristesse lorsque j’ai contemplé la dernière épreuve. Il en coûte de se séparer d’un vieux compagnon. » Après l’insuccès du Candidat et le refus de la traduction de Saint Antoine par la censure russe, le livre paraît enfin chez Charpentier, en avril 1874. Il obtient un succès d’estime, la curiosité fait acquérir le nouveau livre de l’auteur de Madame Bovary, mais la critique est agressive, désespérante. Le 1er mai il écrit à George Sand : « Ça va bien, chère maître, les injures s’accumulent ! C’est un concerto, une symphonie où tous s’acharnent dans leurs instruments. J’ai été éreinté depuis le Figaro jusqu’à la Revue des Deux Mondes, en passant par la Gazette de France et le Constitutionnel. Et ils n’ont pas fini ! Barbey d’Aurevilly m’a injurié personnellement, et le bon Saint-René Taillandier, qui me déclare
