Le Musée, lors de sa fondation, se trouvait englobé dans un ensemble de constructions modernes d’un aspect assez misérable et au milieu desquelles se trouvaient ces nombreux restes de l’époque romaine.
Le projet préparé par M. E. du Sommerard consistait à jeter bas toutes les masures qui entouraient l’Hôtel de Cluny et le Palais des Thermes ; à isoler au milieu de jardins ces deux monuments de l’histoire nationale ; à ouvrir une large voie qui devait remplacer la rue du Foin-Saint-Jacques, voie devenue depuis le boulevard Saint-Germain ; à élargir la rue de la Harpe, devenue boulevard Saint-Michel, et à amener ainsi l’air et la lumière dans un quartier de Paris, qui en avait été privé jusqu’alors.
Ce projet, tel qu’il était conçu, avait en outre l’avantage de remettre autour toutes les parties de l’antique édifice romain engagées dans les propriétés voisines et d’assurer la conservation de tout ce qui existait encore de l’ancien palais des empereurs.
Les travaux d’isolement commencèrent en 1856 et la loi du 17 juin 1857 fixa la part de l’État, dans l’ouverture des nouveaux boulevards, pour le prix des terrains à réunir aux dépendances du Musée des Thermes et de l’Hôtel de Cluny.
Tous ces travaux sont terminés depuis longtemps, et le dégagement du Musée est complet. Les maisons qui l’entouraient et étaient pour lui un danger incessant d’incendie ont disparu. La rue du Foin-Saint-Jacques et celle de la Harpe ont fait place aux magnifiques boulevards Saint-Germain et Saint-Michel, la rue des Mathurins-Saint-Jacques, devenue rue du Sommerard, a été doublée de largeur et une nouvelle rue bordant le quatrième côté des jardins a été ouvert sur l’emplacement de l’ancien couvent des Mathurins, qui n’a pu, malheureusement, être conservé. Plus de cinq mille mètres de terrain ont été ainsi ajoutés au vieux jardin de l’Hôtel de Cluny, plantés d’arbres et ornés de nombreux fragments d’architecture et de sculpture de l’antiquité et du moyen âge. Tous les travaux d’appropriation, de clôture et d’installation ont été menés à bonne fin sous l’autorité de la Commission des monuments historiques sans qu’aucun crédit spécial ait été demandé pour y subvenir.
