Il se trouva cependant de misérables fanatiques pour massacrer ce saint homme. Comme il passait un soir le 5 février 1840, devant la maison d’un Israélite, nommé David Harari, ce dernier le pria d’entrer chez lui. Le P. Thomas se rendit sans défiance à cette invitation. David Harari était considéré, en effet, comme le Juif le plus pieux de Damas.
A peine la porte s’était-elle refermée sur le Père, que David Harari, ses deux frères, son oncle et deux autres Juifs se précipitèrent sur le pauvre religieux, le terrassèrent, le bâillonnèrent et le lièrent solidement.
Il vint encore un rabbin ou Chakam, et le barbier juif Soliman fut appelé. Ce dernier reçut l’ordre de couper le cou à la victime et, comme il n’en avait pas le courage, David Harari, le bon et pieux ami du Père, saisit lui-même le couteau ! — Mais sa main tremblait, et la lugubre besogne n’avançait pas, quand son frère Aaron vint à son aide, pendant que Soliman maintenait par la barbe la tête du Père fortement tendue.
Le sang, recueilli et mis en bouteilles, fut envoyé au grand-rabbin. Le corps fut dépouillé de ses vêtements, qu’on brûla, puis désarticulé et coupé en menus morceaux. Les os furent même broyés dans un mortier et tous ces restes informes furent jetés dans un cloaque.
Les malheureux croyaient ainsi faire disparaître à jamais la trace de leur crime.
La nuit venue, Ibrahim Amoran, le serviteur chrétien du Père, inquiet de ne pas le voir rentrer et le sachant dans le quartier juif, s’y rendit pour le chercher. Il y trouva le même sort que son maître. Comme lui, il fut saisi et assassiné par les Juifs, qui s’étaient réunis, dit l’Union d’Alsace-Lorraine, « pour avoir du sang chrétien à mettre dans le doux pain pour la fête du Pourim. »
Mais ces disparitions furent bientôt signalées : on eut