Le second consistait en ce que Quesnay n’était pas membre du Collège de chirurgie de Paris, et ne pouvait décemment se remettre sur les bancs de l’école pour obtenir ce titre. La Peyronie tourna cette difficulté, en lui faisant obtenir la charge de chirurgien ordinaire du roi, en la prévôté de l’hôtel, place qui emportait l’agrégation à ce collège, et il lui obtint, en outre, le brevet de professeur royal des écoles, pour la partie des médicaments chirurgicaux.
Nommé alors secrétaire perpétuel de l’Académie de chirurgie, Quesnay justifia toute la confiance qu’il avait inspirée au fondateur. D’abord, il consigna d’importants travaux dans le premier volume des Mémoires de la nouvelle académie, dont il accompagna la publication, en 1743, d’une préface que les hommes de l’art et les gens de lettres regardèrent comme un chef-d’œuvre. Ensuite, il eut a soutenir presque tout le poids du long procès que s’intentèrent la Faculté de médecine et le Collège de chirurgie, pour déterminer la limite respective des deux professions. Pendant sept années que dura cette querelle, Quesnay, passant sans cesse de l’attaque à la défense, déploya dans l’une comme dans l’autre un remarquable talent de polémique. Il devint antiquaire, jurisconsulte, historien, avec un succès qui portait la désolation dans le camp de ses adversaires, et l’enthousiasme au sein de sa compagnie. Mais il ne faudrait pas en conclure qu’il cédât à l’influence de l’esprit de corps, et le fait suivant prouve le contraire.
Quesnay avait ressenti, dès l’âge de vingt ans, des attaques de goutte, dont les mains et les yeux étaient le siège principal. Leur répétition plus fréquente lui inspira la crainte de ne pouvoir plus se livrer aux opérations manuelles de son art. Cette circonstance le plaçait donc dans l’alternative ou de renoncer au devoir d’être utile à ses semblables, ou d’abandonner l’exercice de la chirurgie pour celui de la médecine, changement d’état qui devait infailliblement lui attirer le blâme de ses confrères. Dans cette position difficile, il n’écouta que le cri de sa conscience : d’une part, on le vit prendre le bonnet de docteur à l’université de Pont-à-Mousson pendant la campagne de 1744, ou il avait suivi Louis XV à Metz ; et de l’autre, quoique devenu membre de la Faculté, continuer d’écrire en faveur de la chirurgie que la médecine voulait avilir. Il acheta alors la survivance de la charge de premier médecin ordinaire du roi, et
