En 1857, Naquet devient licencié es sciences physiques. En 1859, docteur en médecine. Entre toutes les sciences qui concourent à cette vaste synthèse, la médecine, c’est la chimie qui a le plus attaché Naquet. Sa thèse : Application de l’analyse chimique à la toxicologie est signalée au ministre par le jury d’examen. Dès lors il décharge son père de tout sacrifice, et il gagne son pain en donnant des répétitions de chimie. Excellent répétiteur, il a formé plusieurs élèves dont le docteur Grimaux, aujourd’hui professeur à l’Institut agronomique et à l’École polytechnique, qui tous ont gardé de son entraînante parole le plus durable souvenir. En 1860, il concourt pour l’agrégation en chimie. Sa thèse : De l’allotropie et de l’isomérie est une lueur soudainement projetée sur des questions obscures encore et controversables. Wurtz le chimiste, Gavarret le physicien votent pour lui. Mais une erreur dans l’épreuve pratique lui fait préférer M. Lutz. Nouveau concours en 1863, et cette fois triomphe complet. La thèse nouvelle, Des sucres, est une attaque haute et franche contre certaines idées fausses de Berthelot. Le jury est unanime, et voici Naquet nommé professeur
