En 1573, il assiégea et prit Saint-Geniez en haut Quercy et emmena le seigneur du lieu prisonnier à Cahors, malgré la composition de vie et bagues sauves à lui accordée. Il fit capituler Brifenel en baut Rouergue, mais au mois de mai il perdit Sorèze, Montesquiou à deux lieues de Toulouse, Lodève et les Mas-Sainte-Puelle, près de Casteluaudari. En Gascogne, ses armes furent plus heureuses : Terride, Flaignac et généralement tout ce que les protestants occupaient en cette province au delà de la Garonne tomba en son pouvoir. Cependant Caussade lui résista et arrêta le cours de ses exploits. LaMotte-Pujol gardait cette place avec 600 arquebusiers Villars y perdit une partie de son armée ; le vicomte de Gourdon, au passage de la Dordogne, la réduisit encore d’une compagnie. Ces pertes déterminèrent la dissolution de ses troupes et ce qui en resta, harcelé par Gourdon, s’achemina vers La Rochelle, place protestante assiégée par les catholiques.
Honorat fut nommé chevalier du Saint-Esprit le 1er janvier 1579.
Il mourut au Grand-Pressigny le 20 septembre 1580 ; il fut inhumé dans l’église du Grand-Pressigny, et Dubuisson, dans sa relation manuscrite d’un voyage qu’il fit en Touraine vers 1650, nous apprend que l’on voyait dans l’église du Grand-Pressigny une très belle table contenant une inscription en lettres d’or ainsi conçue : « Ci gist Honorat de Savoie, marquis de Villars, comte de Tende, admirai de France, chevalier des deux ordres du roy et lieutenant-général pour Sa Majesté en Guienne, qui décéda à Pressigny le 20 septembre 1580, et sa femme, Jeanne de Foix, vicomtesse de Castillon et captale de Buch, qui décéda le 30 mai 1542. » — Cette table était surmontée d’un écusson couronné aux armes du marquis de Villars, entouré des colliers des ordres de France « écartelé au 1er et dernier de gueules à la croix d’argent de Savoie, au 2e et 3e de gueules encore écartelé, au 1er et dernier un aigle à deux testes esployées et couronnées de même au 2e et 3e, chef d’or. »
Par son testament en date de 1574 et ses codiciles d’avril
