Ses funérailles furent des plus solennelles comme des plus touchantes, « Sa bienveillance avait désarmé la jalousie, dit Calcagnini (son contemporain) ; sa nature douce, aimable, sympathique, lui avait gagné tous les cœurs. Aussi sa mort causa-t-elle des regrets unanimes et un deuil public. Le peuple de Rome suivit ses restes comme il devait faire plus tard pour Michel-Ange et la foule, si indifférente d’ordinaire aux événements de cette nature, paraissait douloureusement émue. » Ses élèves qui savaient ce qu’ils perdaient, ses amis se montraient inconsolables, et l’un d’eux Castiglione écrivait à sa mère : « Je me trouve en bonne santé, mais il me semble que je ne suis pas dans Rome puisque mon pauvre Raphaël n’y est plus. Que son âme bénie soit au sein de Dieu ! »
