L’église d’Auxerre, comme plusieurs autres du diocèse, avait beaucoup souffert des spoliations des huguenots. Le nouvel évêque, comme il s’y était engagé par avance vis-à-vis des chanoines, fit don à la sacristie de la cathédrale de divers ornements dont elle avait le plus grand besoin, manquant même du nécessaire ; il n’épargna rien ensuite pour rendre au chœur son ancien lustre ; les chaires des chanoines furent refaites à neuf aussi bien que le trône épiscopal. Les grilles qui entouraient le sanctuaire et que les profanateurs avaient arrachées et emportées furent remplacées. Amyot fit don encore à son église d’un nouveau jeu d’orgues qui fut construit par le frère Hilaire, religieux de Notre-Dame-en-l’Ile à Troyes venu exprès pour la confection des tuyaux. Une grande partie du vitrail cassé par les calvinistes, fut aussi réparée aux dépens de l’évêque.
Ces bienfaits et beaucoup d’autres auraient dû rendre le prélat cher à son clergé comme à ses ouailles ; il en fut ainsi les premières années, mais lors de l’explosion des passions populaires, soulevées par les guerres religieuses, tout fut oublié, la calomnie aidant. À Auxerre et dans le diocèse le parti de la Ligue était dominant. Amyot que Henri III, en succédant à son frère, s’était plu à maintenir dans ses fonctions de grand aumônier, en l’appelant aussi son maître, se rendait de temps en temps à la cour pour les fonctions de sa charge. Il se trouvait malheureusement à Blois lors de l’assassinat de Guise. Ce crime auquel il était complètement étranger, qu’il n’avait pas hésité à blâmer même dès qu’il en avait eu connaissance en le qualifiant « un cas si énorme qu’il n’y avait que le pape seul qui
