Bakounine s’y place bientôt sur le terrain philosophique et il y reste. Dans son exemplaire du « Cours de Philosophie positive » d’Auguste Comte, on trouve, en marge, notées les dates du 10, 12, 17 et 18 décembre et de ces études sortit un long manuscrit (inachevé) dont les pages 82 à 256 existent encore. Ce manuscrit, après une discussion sur la situation en France (dont le commencement, de la page 1 à la page 81, manque), et quelques pages sur le socialisme, prend, dès la page 107, le titre : « Appendice, considérations philosophiques sur le fantôme divin, sur le monde réel et sur l’homme », Quoique écrit d’abord comme « Appendice » aux pages 1 à 107 de ce manuscrit il est cité dans plusieurs passages du manuscrit de « Dieu et l’État » comme « Appendice » à ce manuscrit qui lui est postérieur ; il aura donc probablement été remanié avant la publication.
Enfin, vraisemblablement en février et jusqu’aux premiers jours de mars 1871, Bakounine écrivit un manuscrit de 340 pages qui, bien qu’épars en trois pays différents, existe aujourd’hui encore, à l’exception de trois pages.
La première livraison de cette œuvre fut d’abord imprimée à l’Imprimerie coopérative de Genève, sous
