En 1793, le père d’Ampère retourna à Lyon et y accepta les fonctions de juge de paix. Après le siège de Lyon par l’armée républicaine, Collot d’Herbois et Fouché y commirent les pires excès et Jean-Jacques Ampère fut une de leurs nombreuses victimes : il mourut sur l’échafaud le 24 novembre 1793.
Cet événement tragique porta un coup terrible à André Ampère, il dépérissait à vue d’œil et tomba dans un état d’hébétude complète. Cet état pénible durait plus d’une année, et il en fut tiré grâce aux Lettres sur la botanique de J.-J. Rousseau qui lui tombèrent par hasard entre les mains. S’adonnant avec passion à l’étude de la botanique, il reprit de l’intérêt aux recherches et réussit même à déterminer la place que doit occuper le Begonia dans la classification des plantes, problème que les botanistes n’arrivaient pas à résoudre.
Ampère épousa le 2 août 1799 Mlle Julie Carron et fut obligé de donner des leçons de mathématiques à un prix dérisoire pour subvenir aux besoins du ménage. Au mois de décembre 1801 il obtint une place à l’école centrale de Bourg dans le département de l’Ain, où il enseigna la chimie, la physique et l’astronomie. Il y continua d’ailleurs à donner des leçons particulières pour augmenter ses maigres revenus.
Après avoir composé quelques mémoires restés inédits, il publia en 1802 ses Considérations sur la théorie mathématique du jeu qui excita l’admiration de Delambre. Grâce à l’intervention de ce dernier, Ampère fut nommé en 1803 professeur au Lycée de Lyon. C’est cette année même qu’il perdit sa femme qu’il aimait
