À vingt-trois ans de là, l’église de France allait être dépouillée du droit de choisir ses prélats. Après Georges d’Amboise, le chapitre de Rouen ne devait plus élire qu’un seul archevêque, Georges d’Amboise, deuxième du nom, neveu de l’illustre légat ; après quoi, ce fut aux rois de France de pourvoir aux évêchés et aux abbayes, sauf l’agrément des souverains pontifes. Alors commencèrent de vives disputes entre les hommes, pour et contre les élections abolies. Brantôme se distingua entre tous les autres, et il n’y eut sorte d’invectives qu’il ne prodiguât à ces chapitres, à ces abbayes qui, pendant tant d’années, avaient élu leurs prélats. Le grave Pasquier, au contraire, regrettait amèrement les élections, « ce mesnage du Saint-Esprit, » comme il les appelait dans son naïf langage. A l’en croire, les évêchés, abbayes et autres bénéfices, se seraient « vendus, de son temps, au plus offrant et dernier enchérisseur. » Le fougueux Génebrard, exagérant comme à son ordinaire, ne craignit pas d’avancer que le pire des prélats élus autrefois par les églises valait mieux que le meilleur d’entre ceux que, depuis, avaient nommé les rois.
Dans les États Généraux de France, dans les conciles provinciaux, dans ceux de Rouen surtout, souvent des voix éloquentes adjurèrent les rois de France de rendre aux chapitres le droit d’élire les évêques.
