Dans ce siècle d’intolérance universelle Bonnivard s’interposa entre le conseil de la ville et les paroisses rurales qui, à l’instigation des prêtres, refusaient de se soumettre à la réforme ; il obtint qu’elles ne seraient point converties par la violence et qu’on leur laisserait le temps de la réflexion et de l’examen.
Cependant ne se croyant pas suffisamment indemnisé par ses compatriotes, il demanda, en 1538, la restitution de son ancien prieuré, et comme la ville s’y refusa, il se retira à Berne et fit un procès à Genève... mais bientôt les choses s’arrangèrent à l’amiable, il obtint une somme de huit cents écus d’or et cent quarante qu’on lui paierait, — annuellement sans doute, — sa vie durant.
On croit qu’il mourut en 1570 ou 1571 après avoir légué à la ville sa bibliothèque qui fut le premier fond de la bibliothèque publique. Ces livres sont en partie, dit Sennebier dans son Histoire littéraire de Genève, les rares et belles éditions du quinzième siècle qu’on voit dans cette collection.
« ..... Ce bon patriote institua la république son héritière, à condition qu’elle emploierait ses biens à entretenir le collége dont on projetait la fondation. »
Bonnivard a laissé plusieurs ouvrages tous manuscrits qui se trouvent à la bibliothèque de Genève et qui sont fort curieux : l’'Histoire ou Chronique déjà mentionnée ;
