Le phosphore ne semble pas toxique même aux fortes concentrations que contiennent parfois les eaux libres. Néanmoins, il suffit souvent d’une faible quantité de phosphore dans une étendue d’eau pour stimuler la croissance des cyanophycées (algues bleues) et d’autres organismes au point d’empêcher l’utilisation de l’eau par l’homme. Certains lacs sont naturellement eutrophes (très productifs) et reçoivent assez de phosphore et d’autres substances nutritives de sources naturelles pour produire des algues nuisibles. La pollution du ruissellement aggrave le problème. La croissance excessive de plantes aquatiques cause des problèmes multiples. Par exemple : elles sont inesthétiques et gâchent les plages ; elles épuisent les concentrations d’oxygène lorsqu’elles se décomposent, éliminant ainsi les poissons et organismes aérobies ; elles produisent des odeurs et des goûts désagréables et bouchent le filtre des prises d’eau aux stations de traitement.
La pollution par les substances nutritives utilisées en agriculture varie selon les bassins versants, le climat et les fluctuations annuelles du temps. Ainsi, les études effectuées dans la section inférieure de la vallée du Fraser, en 1976, montrent que les techniques culturales ne constituaient pas pour le fleuve même une source importante de pollution par les substances nutritives. Cependant, la même année, dans le bassin canadien des Grands Lacs, des recherches ont indiqué que 40 à 60 % de tout le phosphore qui avait pénétré dans les lacs par les affluents étaient d’origine agricole. Il semble que les applications d’engrais à base de phosphore supérieures aux proportions recommandées soient en partie la cause des fortes teneurs en phosphore soluble décelées dans certains cours d’eau.
Plusieurs méthodes peuvent réduire la pollution par les substances nutritives résultant de l’activité agricole. Un programme régulier de vérification du sol constitue le meilleur moyen de déterminer la quantité de phosphore nécessaire à un rendement optimal. Toutefois, les applications de phosphore conformes aux doses recommandées ne sauraient avoir un effet immédiat sur les charges de phosphore des cours d’eau, étant donné qu’au Canada, beaucoup de sols ont une teneur élevée en phosphore naturel ou accumulé. Il n’existe pas encore de méthodes satisfaisantes d’analyse du sol qui permettent de déterminer la proportion d’azote accessible aux plantes dans le sol des régions humides du Canada. Les doses d’engrais azotés recommandées pour une culture particulière dans une région donnée ne devraient pas être dépassées. Ces doses sont basées sur les besoins de la plante de même que sur le type de sol et le rendement escompté. Il est rare que des doses supérieures à celles recommandées augmentent le rendement des récoltes. Par contre, une application excessive d’azote accroît la quantité de nitrates qui peut s’infiltrer dans les eaux souterraines ou être entraînée par le ruissellement vers les cours d’eau.
Pour limiter la pollution par les substances nutritives qui proviennent des terres agricoles, les pratiques suivantes peuvent être efficaces :
- mélanger l’engrais et le fumier à la terre le plus rapidement possible après leur application ;
- réduire ou supprimer les applications d’engrais et de fumier sur les champs situés à proximité de cours d’eau et facilement inondables ;
