Dans la plupart des cas, j'ai choisi d'utiliser le terme GNU/Linux en référence au système d'exploitation libre et Linux pour désigner spécifiquement le noyau sur lequel repose le système. L'exception la plus remarquable à cette règle se trouve dans le chapitre 9 : dans la dernière partie de ce chapitre, je décris les débuts de l'évolution de Linux comme un dérivé de Minix. On peut admettre en toute sécurité que durant les deux premières années de son développement, le système d'exploitation de Torvalds et ses collègues avait peu en commun avec la vision de Stallman du système GNU, même s'il se mit à partager les composants vitaux de GNU, comme le GNU C Compiler et le GNU Debugger.
Cette décision bénéficie aussi du fait qu'avant 1993, Stallman voyait peu d'intérêt à insister sur le crédit.
D'aucuns pourraient considérer comme arbitraire la décision d'utiliser le terme GNU/Linux pour les versions suivantes du même système. Je tiens à préciser qu'il ne s'agissait en aucun cas d'une condition nécessaire pour gagner la coopération de Stallman quant à l'écriture de ce livre. Cette décision est personnelle, d'une part du fait de la nature modulaire du système et de la communauté qui l'entoure, et, d'autre part, à cause de la nature apolitique de Linux. Étant donné qu'il s'agit d'une biographie de Richard Stallman, il semblait inapproprié de définir le système d'exploitation en termes apolitiques.
Dans les phases finales du livre, quand il devînt clair qu'O'Reilly & Associates serait l'éditeur, Stallman demanda effectivement que « GNU/Linux » et non « Linux » soit utilisé si O'Reilly voulait son appui pour la promotion du livre une fois publié. Une fois informé de cette demande, je relayai ma décision exposée ci-dessus et laissai Stallman juger si le livre en résultant remplissait la condition ou non. À l'heure où j'écris ces mots, je n'ai aucune idée du jugement de Stallman.
Une situation similaire entoure les expressions logiciel libre et open source. Là encore, j'ai opté pour le plus politique logiciel libre pour décrire les logiciels dont le code source est librement copiable et modifiable. Bien que plus populaire, j'ai choisi de n'utiliser open source qu'en référence aux groupes et marchés qui promeuvent son usage. Ces termes sont complètement interchangeables sauf dans certains cas, et, en prenant cette décision, j'ai suivi le conseil de Christine Peterson, généralement créditée pour l'usage de cette expression : « L'expression logiciel libre devrait toujours être utilisée dans les circonstances où elle convient le mieux », écrit Peterson. « [Open source] est devenu populaire principalement parce qu'un nouveau terme était nécessaire, et non parce qu'il est idéal ».