Peu après l’occupation des Sudètes, Jodl fut détaché dans une unité, il ne devint chef de l’État-Major d’opérations de l’OKW qu’à la fin du mois d’août 1939.
Le 12 décembre 1939, Jodl discuta de l’invasion de la Norvège avec Hitler, Keitel et Raeder ; son journal est rempli de notes postérieures sur le rôle qu’il avait joué dans les préparatifs de cette attaque. Jodl explique que son commentaire selon lequel Hitler cherchait encore une « excuse » pour entrer en action, signifiait qu’il attendait des renseignements dignes de foi sur les plans britanniques et il justifie l’invasion comme une opération nécessaire pour prévenir l’exécution de ces plans. Son témoignage montre que, depuis le mois d’octobre 1939, Hitler projetait d’attaquer les nations de l’Ouest en passant par la Belgique, mais ne pensait pas pouvoir envahir la Hollande avant la mi-novembre. Le 8 février 1940, Jodl, son représentant Warlimont et Jeschonnek, chargés des questions stratégiques aériennes, discutèrent la « nouvelle idée » d’attaquer la Norvège, le Danemark et la Hollande, tout en garantissant la neutralité de la Belgique. La plupart des dix-sept ordres qui, pour différentes raisons, notamment à cause des conditions atmosphériques, remettaient au mois de mai 1940, l’attaque à l’Ouest, furent signés par Jodl.
Il s’occupa activement des préparatifs d’attaque contre la Grèce et la Yougoslavie et parapha l’ordre d’intervenir en Albanie, qu’avait donné Hitler le 11 janvier 1941. Le 20 janvier, quatre mois avant l’attaque, Hitler, au cours d’une réunion des généraux allemands et italiens à laquelle assistait Jodl, déclara que les troupes allemandes rassemblées en Roumanie devaient être utilisées contre la Grèce. Le 18 mars, Jodl était présent encore lorsque Hitler dit à Raeder que toute la Grèce devait être occupée avant qu’une solution ne pût intervenir. C’est en sa présence également que, le 27 mars, Hitler déclara, devant le Haut Commandement, que la Yougoslavie devait être anéantie avec une « rigueur impitoyable » et que Belgrade devait être bombardée sans déclaration de guerre.
Jodl a déclaré que Hitler craignait une attaque de la Russie et que c’est pour cette raison qu’il attaqua le premier. Ces préparatifs avaient commencé presque un an avant l’invasion. Dès le 29 juillet 1940, en effet, Jodl invita Warlimont à dresser des plans en lui disant que Hitler avait décidé d’attaquer ; plus tard, Hitler dit à Warlimont qu’il avait pris cette décision dès le mois d’août 1940, mais qu’il en avait retardé l’exécution pour des raisons militaires. Jodl parapha la directive de Hitler du 12 novembre 1940, selon laquelle les préparatifs ordonnés verbalement devaient être poursuivis et, le 18 décembre, parapha également le « Cas Barbarossa ». Le 3 février 1941, Jodl discuta avec Hitler et Keitel de l’invasion et, le 14 juin, il était présent lorsque furent faits les derniers rapports sur le « Cas Barbarossa ».
